城乡关系是世界各国所必须面对的重大理论和现实问题。我国长期以来形成的城乡二元结构影响根深蒂固,农村基础条件相对滞后,城乡公共资源配置不均衡的现实矛盾客观存在,而这一矛盾的根源是制度问题。进入新世纪以来,我国逐步开始注重城乡二元结构的调整,尤其在制度安排方面,改变城乡分割的制度安排转向城乡统筹的制度安排,将城市和农村作为一个整体,实行公共资源的统一配置和合理布局,更多地关注农村和农民利益。由此,“城乡统筹”将作为新时期全面建设小康社会的根本要求、实现农业现代化的必由之路和建设和谐社会的重要内容。本研究基于二元结构理论、区域经济一体化理论、新制度经济学中的资源配置理论、公共选择理论、制度变迁理论和福利经济学等基础理论,综合运用理论研究与实证分析、定性分析与定量分析、系统分析与功能结构分析、文字叙述与图表说明相结合的研究方法,研究城乡公共资源配给制度的演进,分析不同制度安排对城乡公共资源优化配置的影响,通过城乡公共资源优化配置的制度设计,保障其制度变迁按照预定轨迹顺利进行。本研究的主要内容包括：(1)在研究我国城乡关系历史性演变的基础上,深入分析不同时期的制度供给在每一个阶段所表现出的不同制度特征,并归纳得到城乡公共资源优化配置的制度特征；(2)对不同制度安排下城乡公共资源配置情况进行分析,主要通过利益主体的动态博弈,深入研究城乡公共资源配置制度变迁的方式和实现路径；(3)以伊犁州直为例,通过实地调研数据的定量分析,对城乡公共资源配置情况进行实证分析,得出伊犁州直城乡公共资源配置的制度安排经历了从不协调逐渐走向协调发展的过程,并说明这一制度安排主要是强制性制度变迁作用的结果；(4)通过借鉴国内外相关研究经验,进行适合伊犁州直城乡统筹制度安排下的公共资源优化配置制度设计,逐渐形成“制度设计——制度供给——制度变迁……新制度安排”良性循环,确保今后伊犁州直城乡公共资源配置的制度变迁朝着城乡统筹、协调与可持续发展的方向继续发展。