长期以来,我国实行城乡割裂的二元土地制度,农村集体土地不能入市流转,极大地阻碍了农村经济的发展和城乡一体化的进程,十八届三中全会《关于全面深化改革若干重大问题的决定》中明确提出要建设“城乡统一的建设用地市场”,充分发挥市场机制在土地资源配置中的决定性作用。这在破除城乡二元体制、推进土地制度改革、加快推进新型城镇化、促进农村经济发展和保障农民权益等方面有重大的积极作用。集体建设用地入市流转的关键问题是土地收益分配,因此本文对集体经营性建设用地流转的收益分配问题做了深入研究。首先,在梳理集体经营性建设用地流转的相关概念后,科学界定本文的研究对象,将流转客体界定为存量的集体经营性建设用地,将流转的方式界定为初次流转中的出让方式,将土地收益界定为公开交易形成的市场价格。然后,从理论和实践两方面为土地收益分配方案寻找研究依据,将已有文献和相关理论作为本文的理论依据,将典型试点地区的收益分配方案作为本文的实践指导。在理论和实践的指导下,从分析土地收益的价值构成入手,按照收益形成的环节将土地收益分为原集体土地使用价值、投资开发性增值和土地发展权增值三个部分。进一步分析土地增值的成因,将投资开发性增值归因于资金的投入和所需的社会平均投资利润,将土地发展权增值的归因于基础设施投资、城市经济发展、土地使用方式改变和土地区位优势。同时,构建集体经济组织、农民和政府三类主体参与分配的理论基础体系,集体经济组织基于土地所有权代表地位、工作职能和土地投资开发主体地位参与收益分配,农民基于最终受益主体地位(成员权)和自身发展需求参与收益分配,政府基于投资的外部性和政府职责参与收益分配。通过进行系统的理论分析,并运用适当的计量方法,本文制定如下土地收益分配方案：一是基于公开交易促成的土地交易价格,求得原集体土地使用价值、投资开发性增值和土地发展权增值。二是土地投资者取得土地的投资本金及平均投资利润,政府通过土地增值税和契税来分享土地增值收益,土地所有者享有原土地使用价值和部分土地发展权增值。三是集体经济组织基于集体经济的运营职责和村民的社会保障职责获得部分土地所有者收益,其他收益由本集体全体农民享有。四是实行集体股份制改革,农民个人按照股权份额分配剩余的土地收益,政府通过对农民征收所得税实现土地收益的均衡分配。为了保证分配方案的顺利执行,本文提出了完善集体土地产权制度、重建集体经济组织内部构架、实行集体股份制改革、构建合理的土地税收体系四个方面的政策建议。