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研究目的了解广州地区静脉吸毒人群和男男同性性行为人群HIV-1基因亚型分布特征和进化关系,寻找HIV-1的新亚型,探索各亚型可能的流行趋势;分析P6蛋白氨基酸变异特征及7个氨基酸缺失的流行分布,为艾滋病的治疗与预防提供基础数据。研究方法收集来自广东省皮肤病防治中心MSM（Men who have sex with men）和IDUs（Intravenous drug users）血液样本182份,提取病毒核酸,运用巢式RT-PCR法扩增HIV-1三个基因片段p17（670bp）,pol（840bp）,和gp41（461bp）。将扩增产物纯化后测序,构建ML系统发育进化树,确定样本基因亚型以及毒株之间的进化关系。对所获未知基因亚型URFs（unique recombinant forms）毒株进行近全长基因组序列扩增,分析基因组结构和进化特征。扩增CRF07BC亚型样本gag全长序列,将P6蛋白翻译为氨基酸与HXB2比对,分析蛋白的缺失突变,并结合数据库中P6序列,分析p6A7（7-aa deletion）在不同人群,时间和地区的流行分布特征,构建系统进化树。研究结果样本人群中,HIV-1基因亚型以CRF01AE,CRF07BC和CRF08BC为主,分别占32.4%,27.5%,17.6%。同时还存在CRF5501B,B,C和CRF5901B等亚型以及6%的独特重组株URF。IDU人群病毒基因亚型分布与MSM人群不同。MSM人群基因亚型以CRF01AE和CRF07BC为主,分别占45.5%和30.1%。而IDU人群主要为CRF08BC（54.3%）和CRF07BC（22.1%）。进化分析显示,广州MSM人群中,CRF07 BC和CRF01AE序列分别聚集为一或二个毒株簇,新疆,泰国,云南等地IDU和异性性行为人群序列位于外围。IDU人群中,CRF07BC序列变异较大,散在分布;CRF01AE毒株与异性性行为人群聚集成簇,存在密切传播关系。无论是MSM人群或IDUs,两个亚型毒株在各地区之间呈现交叉分布,没有地域限制。CRF08BC流行于IDU人群中,形成特有的广州簇。在所有亚型中,env和gag的基因距离大于pol。同一基因不同亚型的进化距离不同,subtypeB和CRF01AE距离较大,CRF07BC和CRF08BC居中,CRF5501B距离最小。研究得到一条来自MSM人群的近全长基因组序列GD698,由CRF07BC和CRF55 01B重组构成,是一种新型的URF。与其他CRF07BC/CRF55 01B重组株相比,GD698两个片段均来自MSM人群,有着独特的重组断点和镶嵌结构。另外,在296条HIV-1CRF07BC亚型毒株中,54.1%的序列含有7个氨基酸的缺失（aa30-36,PIDKELY）。IDU人群p6△7流行率为37.3%,MSM人群为92.3%。IDU人群p6△7序列数量随时间而增加。2002年以前约为27.3%,2003-2007年增长为31.4%,到2013年流行率约为66.7%。各地区流行情况也不一致,以南部较高（68.8%）,北部居中（41.2%）,西部最低（15.4%）。MSM人群则一直保持较高流行水平,不随时间或地区变化。进化分析显示,MSM人群的p6A7毒株来自其他含p6△7的序列,随病毒快速传播,形成单一的毒株簇。而IDU人群p6△7序列起源于没有缺失的毒株,呈散在分布。研究结论广州地区MSM和IDU人群HIV-1基因亚型分布呈现多样性,两人群的基因亚型有所不同,IDU人群主要流行的基因亚型为CRF08BC,MSM人群主要流行的基因亚型为CRF01AE。IDU人群中HIV-1序列变异程度大,流行时间长;MSM人群毒株聚集成簇,传播速度快。MSM人群中首次发现一株由CRF07 BC和CRF55 01B重组构成的新型URF,命名为GD698。CRF07BCP6蛋白的7个氨基酸缺失毒株的流行情况存在人群、时间、地域差异,广州流行率较高。