绿色贸易壁垒作为一种贸易保护政策，在关税保护作用逐步削弱的今天，在其履行保护人类生命健康安全、动植物健康或安全、保护自然资源和自然环境的职责的基础上，更多的承担了贸易保护的作用。日本是我国农产品第一大进口国，并且其绿色贸易壁垒在世界上有很强的代表性，具有严苛、复杂、系统性的特点，而日本也是利用这一壁垒保护本国农业、限制农产品的进口，这严重影响了我国农产品的出口。本文分为五部分。第一部分为绪论，阐述了我国作为一个农业大国，研究日本绿色贸易壁垒的背景和意义，并且对国内外学者在这一问题上的研究进行了分类综述，详细介绍了目前的研究成果。第二部分具体介绍了日本的绿色贸易壁垒的产生背景、构成，背景从WTO的国际协议约束性不强、日本的农业保护政策、社会因素和国内政治利益集团这四个角度阐述日本绿色贸易壁垒产生的原因，市场准入制度、技术法规与标准和绿色认证制度是日本绿色贸易壁垒的三大构成要素，通过其产生背景和构成要素的分析进而从而总结出日本绿色贸易壁垒具有完善的法律法规体系、进口检疫程序复杂和标准指标严苛的三大特点。第三部分为中国向日本出口农产品遇到的绿色贸易壁垒，首先介绍了中日农产品贸易的总体情况和产品类别，然后介绍了在日本绿色贸易壁垒的影响下，中日农产品贸易具有贸易方式多元化、贸易主体集中和贸易争端的增加主要体现在农产品加工制品方面的新趋势。第四部分为日本设置绿色贸易壁垒的影响，对中国的影响分为消极影响和积极影响两个方面，在引起我国农产品企业出口风险、成本增加的同时，也推动了我国农业技术的进步、农业产业链的升级，客观上推动了我国食品质量安全体系的完善。在国际上，在阻碍中日韩自由贸易区进一步发展的同时也促进了中国—东盟自由贸易区在农产品贸易方面合作的展开，中国—东盟卫生和植物卫生行动计划的通过更是促进了中国与东盟农产品贸易的发展。第五部分为我国应对日本绿色贸易壁垒的建议，从两个大方面宏观—国家和微观—企业、行业协会来讨论，提出了完善、健全食品卫生安全的法律法规、完善食品和农产品的检测检验体系、加快农业生产方式的转变、积极发挥行业协会的作用等建议。文章的最后提出了结论，认为日本的绿色贸易壁垒虽然严苛，但是并不是不能跨越的，并且解决好这一问题，对于我国农产品在世界市场上竞争力的加强和我国食品安全制度的健全与完善具有重要意义。