医药行业是高技术、高投入、高产出的行业,在我国乃至世界都是一个朝阳产业,具有较强的可持续发展性,在各国经济增长中都起着举足轻重的作用。然而,在现在世界经济全球化的大背景下,医药行业的快速发展引起了人们的关注。最近几年,我国加强了对上市公司的治理结构改革,特别是2006年开始的股权分置改革,解决了阻碍我国上市公司发展的一大难题,也在医药行业的公司治理中产生了巨大影响。本文以医药行业上市公司2006～2008年深沪两市上市的66家符合样本要求的公司为研究对象,运用EXCEL、EVIEWS、SPSS软件对公司治理结构中各要素与公司综合绩效之间的关系做了实证研究,试图找出各要素与绩效之间的关系,发现医药上市公司在公司治理方面存在的问题,以提出优化治理结构的合理化建议。本文主要分为以下四个部分：第一部分是绪论。通过研究论文的背景和意义,阐述了国内外学者在公司治理结构与绩效关系方面的理论观点和结果,提出本文所采用的研究思路和技术路线。第二部分是医药行业上市公司的治理结构和公司绩效的现状分析。主要基于我国近几年来进行的股权分置改革状况和医药行业发展的特殊背景,对医药行业治理结构与绩效研究的现状做了深入分析,找出我国医药行业存在的问题。第三部是实证研究。首先运用主成分分析法,找到了影响公司绩效的主要因子,计算出综合绩效评分；再通过样本指标的选取和相关假设,利用描述性统计方法说明了治理结构与绩效的现状；最后,在以上分析的基础上建立模型并进行回归分析,对实证的结果加以总结提炼。通过研究发现了医药行业上市公司国家股比例和流通股比例与公司绩效呈负相关关系,法人股比例与公司绩效呈正相关关系,而股权集中度与公司绩效没有呈现出相关性；同时,董事会规模与公司绩效呈现负相关关系,独立董事比例与公司呈现正相关关系,经理层薪酬与公司绩效呈现出正相关关系。针对研究结果,本文最后提出了合理化建议,对公司制定战略发展规划和提高经营业绩有着重要的现实意义。