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据世界卫生组织统计,2014年中国结直肠癌(colorectal cancer,CRC)死亡率在男性和女性中分别为5.5%和7.7%。CRC是一种常见的、发生发展过程复杂的消化系统癌症。CRC的发生可能影响机体的免疫功能,引起机体的免疫变化。外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)因其是机体免疫系统的重要组成部分且便于获取,而成为研究机体免疫功能的理想材料。本文我们采用LC/MS平台对6例结直肠癌患者与5例良性肠病患者PBMC蛋白表达谱进行定量比较,以确定CRC和良性肠类疾病间PBMC的蛋白组差异。一方面,我们对所有临床蛋样本等量混合进行正交高效液相色谱(High Performance Liquid Chromatography,HPLC)分离,对分离组分进行质谱数据依赖采集(Data dependent acquision,DDA),第二种方法是我们对所有样本直接进行一维分离并采集数据。所有样本一维分离后数据采集建成的数据库,在提取肽段数目和肽段提取率方面都比正交液相分离法有明显的优势,更重要的是这种方法操作简便、省时。因此,我们选择了一维液相分离建立谱图库。选定建库方法后,我们采用最新的数据非依赖采集(Data Independent Acquision,DIA)质谱技术对两种疾病类型患者的PBMC蛋白表达谱进行定量比较,寻找差异蛋白,并对差异蛋白进行通路及GO分析。研究共定量113个差异蛋白,其中23个蛋白上调,90个蛋白下调。上调蛋白主要涉及真核生物转录终止信号通路而下调蛋白主要涉及的Reactome通路包括血小板脱粒、MAPK、整合素通路、RHO GTPase激活PAKs及平滑肌收缩通路、纤维蛋白凝集通路等。上调蛋白的生物过程和分子功能分析结果p值均大于0.05;下调蛋白多参与血小板脱粒、细胞分泌、囊泡转运等生物过程。分子功能分析结果显示下调的差异蛋白多与细胞黏附、胞间粘着、钙粘蛋白参与的细胞间黏附等作用有关。其中上调蛋白Galectin-1以及下调蛋白Dok-2,AHNAK1三个蛋白差异显著且与免疫细胞功能息息相关,有望成为外周血单核细胞中的CRC标志物。