MicroRNA是一类内源非编码小分子RNA，在真核生物中起着转录后调控的重要作用。目前，新一代测序技术凭借高通量低成本的优势，已在生物学以及医学领域得到了广泛的应用。在本研究中，我们利用SOLiD高通量测序仪对黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)和拟果蝇(Drosophila simulans)雌雄个体头部组织的miRNA以及转录本的表达进行了深度测序，旨在揭示不同果蝇物种以及雌雄个体间miRNA与靶基因的相互关系，进而探讨miRNA在物种进化以及性别分化中的作用。　　 我们对D.melanogaster和D.simμlans雌雄个体的头部组织分别进行了miRNA深度测序，并引入了Barcode技术以降低测序成本。4个小分子RNA文库共产生约28,000,000条序列，其中有3,728,904条序列是可以比对到基因组的，有2,780,467条序列是已知HmiRNA，可以覆盖果蝇miRNA组约3000倍。我们将得到的序列分别进行了注释，并预测了47个未见报道的miRNA。通过保守性分析发现，多数新的miRNA在序列上并非物种特有，然而在不同物种中的表达差异却很大。相反，已知miRNA在物种和性别之间的表达差异则相对较小。　　 在转录本研究中，我们选择了D.melanogaster和D.simulans的雄性果蝇头部组织以及D.simulans的雌性果蝇头部进行测序研究。3个文库共得到大约100，000，000条序列，其中有58,329,773条序列可以比对到基因组，大约覆盖果蝇转录组的20倍。我们对RNA-seq技术进行了评价，发现不同Barcode之间的差异基本不会影响到基因表达的比较，同时基因不同区域的平均reads数目也趋于相等。然而对于单个基因来说，reads的分布并不均匀，这可能与基因本身放入碱基组成有关。我们对不同物种，不同性别的基因表达情况进行了比较，发现分别有39％和27％的基因在物种和性别中表现出1.5倍以上的差异，但是miRNA靶基因在物种以及性别之间的差异相比于转录本总体来说却不明显。同时我们也发现，靶基因中含有越多的保守位点，这种表达差异越小，而且表达稳定性似乎与miRNA本身的表达量并没有关系。进一步研究表明，miRNA的表达差异与靶基因的表达差异之间并没有明显的相关性，暗示这些miRNA可能通过转录后调控稳定基因表达，起到缓冲的作用。