Toehold调节的链置换反应在核酸检测中的应用

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摘要:目的通过toehold调节的链置换反应和金属增强荧光建立高特异性高灵敏度的SNP检测方法。该方法简单特异并能用于区分含突变位点和完全互补配对的核酸序列。方法首先,一段3’含有粘性末端的发卡结构核酸作为捕捉探针通过Ag-S键固定在96孔板表面,加入一段与该粘性末端(称为toehold)和其中的一条双链完全互补的序列可以引发链置换反应从而将发卡结构打开。此时再加入5’端修饰了荧光团的信号探针,该探针能与另一段打开的捕捉探针杂交,荧光团与银表面间的距离为l0nm左右,从而实现信号放大的目的,并且该距离将呈现出最佳的金属增强荧光效果。结果上述方法具有很高的特异性,能明显区分完全互补配对靶标和单碱基突变靶标,并且通过金属增强荧光提高了检测灵敏度,能检测出0.1nM级别的靶标,相对于普通方法,灵敏度有显著的上升。结论为核酸突变检测提供了种简便高通量的初筛手段。摘要:目的通过toehold调节的双重杂交链聚合反应实现检测信号的放大,并将该系统用于实际样品的检测中。方法首先,在修饰了特异性探针的96孔板中加入反应靶标,靶标一端能与捕获探针杂交从而固定在孔内,靶标的另一端能将发卡核酸打开从而引发下游的链聚合反应,形成的聚合产物有一段支链,能引发第二重链聚合反应,从而实现信号的双重放大。用琼脂糖凝胶电泳和Biacore对杂交链反应进行监测并优化实验条件,最后信号检测通过荧光实现,将SYBR Green I加入反应体系中,能嵌入DNA双链,相对于游离的分子,其荧光信号显著增强。结果当加入1nM的靶标时,上述系统能实现130倍左右的信号放大,并且由于链置换反应的独特优势,能在提高反应灵敏度的基础上保障检测的特异性,上述体系也能直接用于检测疟疾RNA,能显著地提高检测灵敏度。结论上述方法为病毒RNA的诊断提供了一种潜在手段。
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