繁殖性状是猪生产中重要的性状之一,与养殖场的经济效益密切相关。虽然繁殖性状容易测量,但其遗传力小,采用传统育种方法取得的遗传进展慢。深县猪的繁殖性能较好且变异系数大,但影响其繁殖性状的变异机理还未被研究。随着SNP芯片的不断研发和基因组计划的发展,高密度SNP芯片被越来越多地用于畜牧研究中。因此本研究采用Illumina Porcine 80K SNP芯片对河北省的唯一地方猪种深县猪的总产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、断奶重、断奶窝重和乳头数等繁殖性状进行全基因组关联分析,以期筛选到显著影响深县猪繁殖性状的SNPs位点,丰富深县猪的分子育种研究工作。选择具有完整繁殖记录的68头纯种深县猪,采集血样,利用Illumina Porcine 80K SNP芯片进行基因分型,将表型数据和基因型数据进行质控后,采用混合线性模型方法分析。为降低关联结果的假阳性,需要对研究群体进行群体分层校正,然后采用Bonferroni方法校正关联结果的P值,并对所有显著SNPs位点进行单倍型分析。取得的结果如下:1、通过对深县猪各繁殖性状的描述性统计,得出总产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、断奶重、断奶窝重和总乳头数的平均值分别为13.82头、12.41头、1.05kg、12.44kg、6.15kg、76.27kg和15.99个,变异系数分别为25.33%、26.99%、20%、30.95%、20%、28.96%和7.44%。2、通过对各繁殖性状的表型相关分析,得出产活仔数和总产仔数均与初生窝重和断奶窝重的表型相关均达到了极显著水平。3、质控后共得到了61404个SNPs位点,分布于每条染色体上。4、Bonferroni校正后的基因组极显著水平P值为1.629E-07;基因组显著水平P值为8.143E-07;染色体显著水平P值为1.629E-05。5、经过GWAS分析,共得到16个与深县猪繁殖性状显著相关的SNP位点,只有5个位点达到基因组显著水平。与产活仔数、初生重、初生窝重、断奶重和断奶窝重显著关联的SNP位点个数分别为4、8、1、3和1。经过单倍型和单倍型块关联分析发现WU₁0.2₇₁32006800、ASGA0083207、CADI0000162和ALGA0121558等SNP位点与繁殖性状有关。6、通过Ensembl网站检索,在这些位点附近发掘到了TSKU、LRRC32、B3GNT6和WNT等潜在候选基因,初步推断这些基因是深县猪繁殖性状的候选基因。综上所述,通过GWAS分析,定位到了与深县猪繁殖性状显著相关的SNP位点及其潜在候选基因,为后续的分子功能验证提供基础。