H5N1亚型高致病性禽流感（HPAIV）在过去十几年的爆发和流行为养禽业和公共卫生造成了巨大的威胁。鸡和鸭对H5N1亚型禽流感的易感性表现出巨大的差异，鸡感染后死亡率极高，而鸭作为禽流感病毒的自然储存宿主仅仅表现出微弱的症状或没有症状。大量的研究多集中在流感病毒的演化、宿主适应性和疫苗研制，很少有研究关注着两个物种不同易感性的机制。我们的研究总体上分为两部分：研究感染禽流感后鸡和鸭免疫器官miRNA的表达差异和T细胞受体基因的差异。（1）应用高通量测序技术和生物信息学方法，我们分析了鸡和鸭感染HPAIV后脾脏、胸腺和法氏囊的miRNA。首先，使用miRDeep程序包，我们对鸭miRNA进行了注释，分别得到了486个和262个鸡和鸭成熟miRNA，这262个鸭miRNA属于83个miRNA家族（miRBase中128个鸡的miRNA家族）。其次，比较了鸡和鸭免疫器官miRNA的表达差异，结果表明，鸡和鸭免疫器官的保守miRNA的表达水平有较大的差异，而且这种差异具有组织特异性。第三，对鸡和鸭所有组织miRNA相对表达量进行了聚类和相关分析，结果表明，鸡感染HPAIV后免疫器官差异表达的miRNA比鸭的多，感染鸡的脾脏和法氏囊的miRNA的表达与SPF鸭的相关程度较高，但是胸腺的miRNA表达与SPF鸡和感染及SPF鸭的miRNA表达差异较大，这可能与感染HPAIV后鸡胸腺的功能受到抑制有关。（2）通过miRNA表达分析和靶基因预测，我们构建了鸡和鸭miRNA的调控网络。通过分析鸭脾脏的数字基因表达谱，我们研究了鸭感染HPAIV后，鸭免疫相关通路调控的变化，上调的基因在JAK-STAT、WNT、RIG-like和Toll-like等通路显著富集。（3）鸡和鸭T细胞受体基因的差异分析。首先，利用5’RACE和Genome Walking方法，我们克隆了鸡和鸭TCRβ的cDNA序列和鸭TCRβ的基因组序列，发现鸭TCRβ有3个V基因家族，其中Vβ3和Vβ1同源，但是在进化过程中，较早出现分歧。通过与鸟类动物斑胸草雀和火鸡以及哺乳动物的V基因的系统发生分析，我们发现Vβ1和Vβ2有不同的进化特点。其次，利用高通量测序方法，我们对鸡和鸭感染H5N1高致病性禽流感后TCRβ CDR3进行了深入研究。发现了鸡和鸭TCRβ VDJ重组和CDR3的序列特点。第三，对鸡和鸭TCRβ CDR3独特型的种类和数量分布进行了研究，利用preseqR程序包估计了鸡和鸭的CDR3独特型的总数，结果表明鸭有比鸡更多的CDR3独特型，而且鸡和鸭在感染状态有更多的TCRβ CDR3独特型，这可能与SPF动物的免疫系统的特点有关我们注释了鸭miRNA，通过对鸡和鸭感染H5N1HPAIV后免疫器官miRNA表达模式的比较，我们提供了鸡和鸭对高致病性禽流感易感性不同的依据；我们构建了鸡和鸭miRNA调控网络，分析了鸭脾脏在感染HPAIV后调控通路的变化；我们揭示了鸡和鸭TCRβ的序列特点、VDJ重组的特点和CDR3独特型的分布规律。