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微卫星标记属于共显性的遗传标记,具有高度的多态性,是中性遗传的,所以在目前被认为是最好的用于群体基因研究的孟德尔分子标记。本文利用微卫星标记,旨在通过构建鸭微卫星富集文库克隆一些微卫星DNA序列,利用克隆的序列设计引物,并通过PCR扩增及其扩增片段大小的分析,来检测5个福建地方鸭品种的基因型,分析了等位基因频率、多态信息含量、杂合度、有效等位基因数、遗传距离和聚类结果,并探讨了各品种内的遗传变异和品种间的遗传关系。本研究应用磁珠富集法构建了(GA)n、(CT)n、(CA)n、(TG)n重复类型的鸭混合型微卫星富集文库。挑选46个阳性克隆测序获得到14含有微卫星的DNA序列,并设计14对微卫星引物递交到了GenBank(GenBank登录号:FJ599499-FJ599512)。通过PCR优化从中获得5个具有中度或高度多态性的基因座,然后用这5个基因座对5个福建地方鸭品种作遗传多样性分析。群体遗传结构的微卫星分析表明:①5个鸭品种在5个微卫星基因座中共检测到31个等位基因,平均每个基因座有6.2个等位基因。②5个微卫星基因座在5个鸭品种中的平均多态信息含量为0.5133,其中微卫星FJAU011的多态信息含量最高(0.5860)。各位点的有效等位基因数在2.1652-3.9904之间。5个鸭品种的平均杂合度为0.7480,5个群体的基因杂合度变化范围在0.5115-0.7000之间。③哈代-温伯平衡检验结果表明,只有少数品种的少数位点处于平衡状态,大多数位点都处于不平衡状态。④F-统计量分析表明:各微卫星基因座FST的变化范围从基因座FJAU013的0.1035到基因座FJAU001的0.2287,平均值为0.1586。各基因座的Nm的变化范围从基因座FJAU001的0.8431到FJAU013的2.1659,平均值为0.8865。⑤DA和DS遗传距离将5个群体分为2类,其中福建地方特色品种金定鸭、莆田黑鸭、连城白鸭与山麻鸭聚为一类,番鸭聚为一类,福建的4个地方品种聚为一类。