新公共管理主义和新合同主义的发展是税收遵从协议诞生的理论基础,我国现行税收法律法规对于纳税人多项权利的规定仍有待完善,甚至处于空白缺失的状态,这为税收遵从协议被我国税务机关适用提供了现实社会背景。作为税收管理的新型探索方式,税收遵从协议中明确约定或隐含着签约纳税企业享有多项权利,主内包含申请税收事先裁定、推定诚实纳税、税收自我管制、保护涉税信息和缴税个性化服务等,其中不仅有法定权利,而且有约定权利,既明确了主动权利又隐含着防御权利,既规定了实体权利又存在程序权利,属性多样,弥补了纳税企业相关权利在我国现行税收法律法规中缺失的现状,对纳税人实现合法权益具有积极意义,同时有利于促进征纳双方形成和谐关系,提高纳税人自主遵从税收法规的程度。但是,由于存在法律和现实问题,导致税收遵从协议中纳税人的权利实现和保护面临诸多困境。法律上,协议是否违背税收法定原则,是否具备法律效力,仍面临质疑;现实中,协议条款过于粗糙,履约机制不健全等缺陷制约着协议中纳税人权利的实现和保护。究其原因,是由于我国税收法治不健全,存在缺失纳税人权利保护为核心的立法宗旨的问题,以及长期占据主导地位的行政强制管理的税收征管理念难以改变,同时缺少对税收遵从协议更为具体的细节规范。税收遵从协议中纳税人权利的保护,需内在分析域外发达国家类似机制的特点上,结合我国目前税收管理现状寻求具体的完善路径。本文提出,在保护税收遵从协议中纳税人的权利时,应当具备正确的基本导向。首先应当坚守税收法定、程序正当两项原则,分别从实体法和程序法两方面对税收遵从协议中纳税人的权利进行保护;其次,重塑以合作治税与纳税服务为核心的税收理念,转变长期占据主导地位的行政强制管理的理念,推进税企和谐征纳关系;最后需内强调契约精神,内求必须以社会公共利益为依托点,在平等协商下反映双方真实意志,且诚实信用的履约,具备义务责任意识。在基本导向下,保护和实现税收遵从协议中诸多的纳税人权利,需内提出具体完善的路径。第一需内明确税收遵从协议性质为行政协议,协议中纳税人权利均合法有效;第二需内完善程序控制,实施公开制度,征求社会意见,加强内部监督等;第三需内细化协议条款内容,设置更为详尽的权利义务条款,使其更具可执行性;第四借鉴域外经验,加强税企沟通机制;第五引入三方合作模式,尝试税务中介服务机构加入税收遵从协议机制中;第六完善违约救济机制,畅通权利救济渠道,明确税务机关责任。