2009年当选的奥巴马作为美国首位“太平洋总统”,一上任就把外交重点转向亚太地区,美菲双边安全合作机制也因之发生明显变化,主要表现在：第一,美菲传统双边安全合作机制得到进一步巩固；第二,美菲非传统双边安全合作机制有了较大的完善；第三,美菲双边安全合作机制的整体效能显著提高。本文拟从奥巴马上台以来美菲双边安全合作机制上述主要变化入手,深入分析美菲双边安全合作机制变化的特点和影响因素,并探讨美菲双边安全合作机制的意义以及奥巴马任职期满后的未来走向。论文分为四个部分：第一部分主要通过借鉴、梳理前人的研究成果,认识并分析奥巴马执政前美菲双边安全合作机制,说明选取奥巴马执政后美菲双边安全合作机制作为研究对象的意义,确定论文研究的基本框架。第二部分主要是对奥巴马执政以来美菲双边安全合作机制变化的研究。在美菲《共同防御条约》(Mutual Defense Treaty, MDT)、《访问部队协议》(Visiting Forces Agreement, VFA)和《后勤支援互助协议》(Mutual Logistics Support Agreement,MLSA)的基础上,奥巴马上台后主要通过三种方式巩固美菲双边安全合作机制：发表《马尼拉宣言》(Manila Declaration),高度评价并提升美菲同盟伙伴国关系；美菲双边战略对话(U.S.-Philippine Bilateral Strategic Dialogue,BSD)，增加美国在菲律宾的军事存在：签署《强化防务合作协议》(Enhanced Defense Cooperation Agreement,EDCA)，提高军事协同行动能力。除传统安全合作以外,美菲两国在海上安全、联合反恐、灾难救助等非传统安全领域也加强了双边合作。第三部分是基于前一部分的研究,对奥巴马执政以来美菲双边安全合作机制的特点和影响因素的分析。机制的特点主要有三点：首先是多元化,主要是指机制的形式和内容是多元化的；然后是针对性,奥巴马政府下的美菲双边安全合作机制以2014年为时间分界点,之前主要针对菲律宾境内的恐怖主义势力和中菲黄岩岛主权争端；之后主要针对南海领土主权争端和美菲《强化防务合作协议》；最后是一体化,主要是指美国尝试利用美菲双边安全合作机制把亚太地区的盟友整合起来,共同对付“非友好势力”,其突出表现是菲律宾和日本的关系迅速升温。从影响因素上看,本文主要从菲律宾方面、美国方面和整体背景环境三个方面进行分析,包括菲律宾对美国深厚的感情依赖、美国推行亚太再平衡战略,以及菲律宾在美国全球战略布局中占据重要地位等内容。第四部分是本文的结论部分。基于上述研究,该部分总结了奥巴马执政以来美菲双边安全合作机制的意义,阐述了这一机制对中国东南方向安全的影响,并探析了后奥巴马时代美菲双边安全合作机制的未来走向。本文主要运用文本解读法、历史归纳法对奥巴马执政以来美菲双边安全合作机制进行研究,实则也是对中国东南周边安全形势的探析。十八大以来,中国确定了“大国是关键、周边是首要、发展中国家是基础”的外交总体布局。对中国而言,应对美菲双边安全合作机制,既是大国外交也是周边外交,具有多重重要意义。因此,本文对美菲双边安全合作机制现实状况的研究,具有较强的实践指导价值。