DNA计算是近年来计算机研究领域的一个热点方向,在近几年分子生物计算机的研究中倍受学者们的关注。基于分子生物技术的DNA计算是一种模拟生物分子DNA的结构并借助于生化反应作为计算工具的超大规模并行计算,而且DNA的双螺旋结构具有巨大的信息存储容量。这也正是人们对DNA计算机产生极大兴趣之所在。质粒DNA计算兼容了DNA计算的所有优点,同时由于其环状结构的特异性,质粒DNA计算载体还可以作为DNA计算机的有效计算单元。数据结构的理论研究是DNA计算机一个必不可少的部分,堆栈以及队列数据结构已经得到深入的研究,在DNA计算机中实现了数据结构中堆栈以及队列的基本操作算法。对我们继续研究其他数据结构有很好的指导意义。　　 本文首先讨论了DNA计算机中序列的编码问题。对DNA编码进行研究,找出序列编码的限制条件,总结其规范结构。建立编码优化计算模型,并进行定量化分析,依据我们即将进行的数据结构设计所需要的序列,进行编码的实例分析。　　 然后,在电子计算机图的数据结构邻接表的基础上,设计了DNA计算机中图的类邻接表存储结构,借助于质粒DNA计算模型,依据其存储结构,提出图的基本操作算法,同时对图的遍历也进行了深入的研究,并根据其存储结构给出了图的深度优先搜索与广度优先搜索遍历算法,在DNA计算机中实现图元素的遍历。　　 最后,我们依据Head的实验程序和我们上面提出的遍历算法,设计了遍历算法的实验步骤实现,并对我们设计的实验进行了分析。