条斑紫菜(Porphyra yezoensis)和坛紫菜(Porphyra haitanensis)作为我国重要的两种经济海藻,不仅具有重要的经济价值还有重要的理论研究价值,因此了解其遗传背景对于扩大紫菜的栽培规模及开展紫菜遗传育种研究具有一定的指导意义。本研究采用磁珠富集法构建富集文库从两种紫菜基因组中分离含有(GA)。和(CA)。的微卫星序列,采用菌落原位杂交和PCR检测方法筛选含有微卫星DNA的阳性克隆。共筛选出62个含有微卫星DNA的阳性克隆,其中条斑紫菜38个,.坛紫菜24个,测序结果显示这62个克隆中有64个微卫星位点。在所有测序得到的微卫星DNA中,二碱基和复合型重复共有51个,重复次数在8-33次不等,其中GA/CT重复共40个,占64%,三碱基或六碱基重复有11个且均为完美型,重复次数在4-7次,分别占微卫星总数的83%和17%。进一步分析发现,条斑紫菜中含有的微卫星motif种类要多于坛紫菜,本次测序得到的三碱基和六碱基重复均来自条斑紫菜,坛紫菜中筛选到的只有二碱基重复；核心重复次数在两种紫菜中没有太大差别。引物设计得到38对rating值高于80的引物,有25对能够扩增出预期的单一条带,其中坛紫菜16对,条斑紫菜9对。通用性分析表明,有5对条斑紫菜的引物可以在坛紫菜中扩增出目的条带,9对坛紫菜的引物可以在条斑紫菜中成功扩增,且产物大小符合预期值,表明两种紫菜之间的微卫星引物具有较好的通用性；且有两对通用性引物在两种紫菜中扩增出了不同的位点。利用21对引物对11个坛紫菜纯合品系、18对引物对4个不同地理位置(青岛团岛、青岛汇泉湾、江苏连云港和日本)的条斑紫菜进行遗传多样性分析后,在坛紫菜中最终获得25个位点,在条斑紫菜中获得26个位点。对坛紫菜的分析结果显示,有1对引物能扩增出3个等位基因(两个多态位点),另有2对分别在4个和5个样品中扩增出了杂合条带,即四个等位基因；对条斑紫菜分析结果显示有6对引物在所有样品中均扩增出两个等位基因,其中有1个多态性位点,其余12对引物都只扩增出单一位点,其中1个位点有多态性。实验结果显示选择的材料的遗传多样性差,一方面引物能够扩增的核心重复次数较少,基本在10次左右；另一方面坛紫菜样品是由同一栽培群体的材料经过单细胞酶解经过自然加倍获得的纯系,自身遗传基因的差异程度不大；条斑紫菜来自的地理位置之间,在长期进化过程中,海洋漂流方向经过上述地区,基因交流频繁,导致遗传背景相似,因此检测不到较高的多态性。