母猪初情期是母猪第一次排卵并获得繁殖能力的开端,它影响着母猪的繁殖性能。初情期启动受到多基因的调控。长链非编码RNA（Long non-coding RNA,lncRNA）作为表观遗传调控的一种模式,参与生物体发育的各个阶段。已有研究表明,lncRNA可能通过调控靶基因的转录表达,影响动物的初情期启动。本研究首先收集了6810条杜洛克、长白和大白母猪的初情期日龄记录,估计初情期日龄的遗传力,并结合其他繁殖记录分析了初情期日龄的早或晚对母猪终身生产力的影响;然后,采用全同胞实验设计,以初情期前（pre-pubertal;n=3）和初情期启动时（in-pubertal;n=3）母猪的性腺轴组织（下丘脑-垂体-卵泡）为研究对象,利用链特异性转录组测序和全基因组DNA甲基化测序技术,构建了检测lncRNAs的新流程;在该流程的基础上,整合分析转录组和DNA甲基化组的数据,筛选了影响母猪初情期启动的重要候选mRNAs和lncRNAs、并对候选mRNAs和lncRNAs进行了功能分析。本研究主要获得如下结果:（1）母猪初情期日龄的遗传力为0.25～0.42。初情期日龄显著影响初配日龄（P<0.05）和初产日龄（P<0.05）。初情期日龄显著影响母猪淘汰胎次（P<0.05）,初情期早的母猪具有较高的利用胎次。初情期日龄的早或晚对母猪终身产活仔数（P>0.05）和终身初生窝重（P>0.05）无显著影响。（2）与卵泡相比,下丘脑和垂体的mRNAs表达模式更相似。在下丘脑、垂体和卵泡中分别筛选到1131、881和1492个差异表达的mRNAs。这些mRNAs主要富集雌激素信号通路、类固醇激素介导的信号通路、GABA能神经元突触、突触、胰岛素分泌、催产素信号通路和信号转导通路。同时,在卵泡中筛选到157个差异甲基化基因,其中30个基因与差异表达mRNAs有重叠。（3）构建了一个预测新lncRNA的流程。利用该流程在初情期性腺轴组织中共检测到28919个新lncRNAs,其中基因间区长链非编码RNA（Long intergeneic non-coding RNAs,linc RNAs）数量最多。与mRNAs相比,lncRNAs表达量更低,长度更短,外显子数更少。在下丘脑、垂体和卵泡中分别检测到1020、733和1179个差异表达的lncRNA转录本。这些lncRNAs靶基因主要富集催产素信号通路、雌激素信号通路、GABA能神经元突触、突触、胰岛素分泌和信号转导等。其中许多lncRNAs靶向IGF1、IGF1R、FSHR、ESR1、ESR2和KISS1等已经证实调控哺乳动物初情期启动的关键基因。本研究主要结论如下:（1）母猪初情期启动日龄属于中等遗传力性状;（2）初情期日龄的早与晚影响母猪终身生产力;（3）构建了一个预测新lncRNAs的流程;（4）与卵泡相比,下丘脑和垂体的mRNAs和lncRNAs的表达模式更相似;（5）初情期前和初情期启动时卵泡lncRNAs的表达谱不同;（6）筛选了影响母猪初情期启动的重要候选mRNAs和lncRNAs。这些研究工作为深入探索母猪初情期启动机制奠定了一定的理论基础。