农村资金互助合作组织是顺应我国农业发展,满足农户“少、散、频、急”资金需求的一种新型农村金融机构。在一定程度上缓解了农村资金供求不平衡的问题,并在满足农户生产、生活的资金需求方面发挥了重要作用。然而,2012年银监会却因为资金互助组织内部治理结构混乱和资金在农村和农户间的微循环不畅通而暂缓农村资金互助社审批。同时,运用新制度经济学相关原理对于资金互助合作组织的内部治理结构研究相对缺乏,本文从剩余控制权和剩余索取权角度对农村资金互助合作组织的内部治理结构进行了研究,并提出了相关对策建议以增加其风险控制能力,保障其健康持续发展。首先,本文分析了我国农村资金互助合作组织的发展历程,从农村金融的需求、供给和优势角度分析了推动我国农村资金互助合作组织发展的动因,总结出当前我国农村资金互助组织的特点是数量庞大、规模扩张和模式多样,并在概括其在发展中存在众多问题的基础上,强调其存在较为严重的内部治理不规范现象。其次,本文在合作金融理论的基础上,指出农村资金互助合作组织的内部治理原则为自愿、民主平等和双重使命;应用新制度经济学中的契约理论,借鉴百信等发展较为成熟的资金互助社的内部治理结构,系统分析了资金互助组织的一般治理结构,包括基于委托-代理关系的组织结构、基于产权关系的股权设置、基于控制权的借贷机制和基于剩余索取权的利益分配机制。然后,本文使用问卷调查数据进行了案例分析。通过使用问卷调查获得的数据,本文对以河南濮阳银融资金互助社为代表的非正规资金互助社,以及以浙江瑞安汇民资金互助社为代表的正规资金互助社的内部治理情况进行典型案例分析。从组织结构、股权设置、借贷机制和利益分配机制四方面比较分析两类资金互助社内部治理结构的异同,分析总结了资金互助合作组织在实际运营中的内部治理结构与一般治理结构的不同,包括剩余控制权范围扩大、社员权利虚化、信贷业务人性化和利益分配不均;并应用本文构建的内部治理绩效评价体系,从经营管理绩效和社会绩效方面对比分析两类资金互助社的内部治理绩效,进一步全面分析内部治理结构。最后,本文总结了亚洲地区合作金融的治理模式和经验启示,在综合分析的基础上,得出资金互助合作组织的剩余控制权逐渐失衡、剩余索取权配置不合理和不同类型的资金互助组织绩效水平各有侧重等主要结论。并且从完善资金管理机制、优化组织结构、健全监管体系和建立培训体系四个方面,提出了完善我国农村资金互助合作组织内部治理结构的对策建议。