芸薹属是十字花科植物中经济价值最大的一个属,包含了如白菜和甘蓝等重要的蔬菜作物以及油菜等世界主要的油料作物,提供了全球约10%的蔬菜和12%的植物食用油。进入21世纪以来,随着生物信息技术的发展和测序手段的进步,基因组数据、全基因组重测序数据和转录组数据大量出现,不同的研究团队针对不同的研究领域开发了一系列不同的生物数据库。此外,分子标记技术已经广泛应用于芸薹属作物的遗传育种、基因定位、基因克隆、基因组作图和物种亲缘关系鉴别等各个领域,而指数级增长的芸薹属作物重测序数据在管理、分析和挖掘上需要大量依赖于编程或命令行的生物信息工具来解决。然而,对于绝大多数生物学家和植物育种家来,编程环境和命令行执行是非常耗时和难以操作的,而且关于芸薹属物种的分子标记数据库也是一片空白。因此,我们以SNP和In Del分子标记为基础,构建了芸薹属作物变异的标记数据库。本文以Python编程语言为开发基础,以MySQL数据库为后台数据管理系统,采用B/S架构,通过对芸薹属中白菜、甘蓝和甘蓝型油菜三种作物的VCF（Variant Call Format）文件和重测序数据收集处理,构建起一个提供位点查询标记、基因查询标记、序列查询标记等多种检索标记方式的芸薹属作物变异标记数据库,方便用户快速准确的查找和浏览分子标记信息。本文工作取得的研究成果主要包含以下三个方面:（1）构建了芸薹属作物变异标记数据库BRAD Marker（http://brassicadb.cn/#/marker）。通过文献检索和整合多个数据集,我们共收集了芸薹属中白菜、甘蓝和甘蓝型油菜重测序数据732份,利用gatk和VCFtools等生物信息软件从重测序数据中获取变异信息,然后借助Primer3和BLAST等软件开发In Del标记共203,901个,SNP标记652,653个。其中白菜引物365,395对,甘蓝引物700,807对,油菜引物963,281对。通过整合基因注释信息,计算每对标记Tm值,添加SSR标记等信息,每一个分子标记都包括变异数据、引物数据和注释数据,构建了一个专注于芸薹属作物的分子标记生物数据库。（2）搭建了网页BLAST序列比对和JBrowse基因组数据可视化工具。在网页BLAST中,我们收集了十字花科物种不同版本基因组共35个,提供了核酸数据库和蛋白数据库的比对查询。在Jbrowse基因浏览器中,我们搭载了不同物种的参考基因组、已过滤的VCF文件、基因注释文件,更为重要的是对分子标记信息的可视化,用户点击分子标记图示,网页就会提供分子标记信息的引物长度和引物序列等数据。此外也能清楚的查看变异信息的变异类型、变异位点和该变异的具体参数。（3）开发了在线引物设计功能。我们利用成熟的标记开发流程对用户上传的文件进行引物设计。用户在使用该功能之前需要进行注册、激活和登录,用户在登陆之后数据库就能将设计好的引物结果发送至用户的邮箱中。此外,我们还开发了用户上传多态性标记的功能,我们鼓励用户下载标记上传模板文件并按照模板文件填写引物信息上传至网站。在数据库管理人员核查之后录入本数据库中。