深化农村改革,解决“三农”问题,很重要的一点就是改变单个农户分散经营状态,实现农村生产要素的合理流动和科学整合。在目前国情和基本体制框架内,发展农民专业合作经济组织,把农民组织起来,是实现农业现代化的必经之路。我国的新型农民专业合作经济组织,已由上世纪八十年代中后期的千余个发展到现在的17万余个(2009上半年已依法登记的全国农民专业合作社就有17.91万个,成员总数232.31万个),覆盖了农产品的产销加工、农资供应、市场信息、技术推广等各个环节,带动增收作用日益显现。合作领域不断拓宽,合作深度不断增强,合作形式不断丰富。在完善农村双层经营体制,推动农业产业化,促进农村社会化服务体系建设,推动农村民主化进程等方面发挥着日益重要的作用。但是,整体而言,我国农民专业合作经济组织发育和成长还比较缓慢,各地发展情况也很不平衡,尚存在两个“滞后现象”：一是合作组织服务能力和带动作用滞后于现实生产需要,二是制度政策环境方面的支持滞后于农民专业合作经济组织发展需求。本文以制度变迁理论、合作组织理论、产业组织理论等为理论基础,采用文献综合分析、实地调查研究、定性与定量研究相结合等方法,分析了农民专业合作经济组织中的发展困境。将其存在的问题归纳为合作松散、带动能力差,运作不规范、稳定性不强,资金制约明显、领办人供应不足,“外生”色彩过浓、内生力不够四个方面；并从主体行为、结构运行、外部环境特别是与政府关系等方面分析了原因。对广饶县农民专业合作经济组织发展情况特别是解决困境的实践进行了剖析。最后,从坚持民办、民管、民受益原则,多形式、多主体发展；提高政府认识水平,加强制度环境建设；强化政策落实,注意导向作用；量质并重抓好规划,典型示范、分类引导；加强与传统组织资源的对接；加强合作教育培训体系建设等六个方面,对推动农民专业合作经济组织发展提出对策。本文在分析问题、查找原因、提出对策时,着重于从农民专业合作经济组织发展与政府行为关系入手。特别是针对合作经济组织发展中普通存在的资金瓶颈、政策有效供给不足、执行不到位以及创办主体缺乏等问题,提出的增强政策针对性和执行绩效、构建合作组织教育培训体系建设的建议,是本文的创新之处。同时对广饶县农民专业合作经济组织解决困境的实践进行介绍,为破解农民专业合作经济组织发展中的问题提供了研判参考。