中药市场历来存在的正品难以澄清问题，制约了中药事业的大力发展，更使人民的生命安全受到了极大的威胁。近年来出现的DNA条形码技术为中药及其混伪品的鉴定提供了新的希望，该方法快捷、准确，具有独一无二的可重复性。在前人筛选候选条形码的过程中，ITS2序列由于序列短、易扩增、鉴定能力佳而倍受关注。因此本文对ITS2序列在17种常用中药中的鉴定效果进行研究，并选取其中的2种——女贞子和大黄分别为单基原和多基原中药的代表进行具体研究。分析实验结果，结论如下：1、女贞的最小种间K2P距离（3.2%）大于种内最大K2P距离（0.90%），NJ树中女贞的各个样品来源聚为一支。女贞与其混伪品的二级结构的分子形态均有差异。ITS2序列可以作为鉴定女贞子原植物及其混伪品的条形码序列，并且该序列在中药材原植物的鉴定中具有很大的潜力。2、大黄与其混伪品的最小种间K2P距离(38.6%)大于最大种内K2P距离(8.0%)，NJ树中大黄三个基原的不同来源样品聚为一支。因此ITS2序列可以作为鉴定大黄与易混伪品土大黄、虎杖的候选条形码序列，DNA条形码技术在中药鉴定中具有极大的前景。3、从基于K2P距离构建的NJ树图中可以看出，人参、八角茴香、山柰、川芎、广藿香、丹参、白及、地肤子、竹节参、红豆蔻、红景天和榼藤子的原植物不同样品分别都聚在一起，能与混伪品分开。利用种间序列比对则可将射干与混伪品鉴别开;用BLAST方法可以鉴别开川木通基原植物和其混伪品。