医药产业是战略性新兴产业培育发展的对象之一，有着广阔的发展前景。江苏省不仅是我国经济强省，也是医药产业大省，目前已经形成了连云港、苏州等五大医药产业集聚区，区域内已聚集一大批在国内具有一定影响力的优势企业。从整体上来看，虽然江苏医药产业在其规模以及产出能力上已经有了较为明显的提升，但是创新能力并没有随之增强，许多产品的生产都是以仿制为主，很少企业能够生产出具有自主知识产权的全新创新药品或是医疗设备，目前为止尚无一个在国际上有重要影响力的创新药物问世。由此可见，与国外相比，江苏医药产业创新水平还存在着较大的差距，主要体现在创新投入的不足以及创新资源配置效率的低下，而后者是制约江苏医药产业创新发展的主要原因。首先，本文从国内外关于创新效率理论的角度出发，回顾先前的创新效率内涵以及效率测定方法，以此作为本文的理论研究基础。其次，对先前学者关于产业创新效率测算及创新效率影响因素的研究进行总结评述。基于先前研究的不足，本文运用随机前沿分析方法（SFA法）测算江苏医药产业创新效率，并对创新效率影响因素进行深入分析，先前研究的影响因素主要包括企业规模、市场竞争、对外开放等外部宏观因素，缺乏从主观因素角度对医药产业创新效率的影响研究。鉴于先前研究缺陷，本文结合医药产业特性以及江苏自身发展状况，从产学研合作以及产业集聚两个角度来研究对江苏医药产业创新效率的影响，在理论分析的基础上提出假设，并运用多元回归分析方法，对统计数据进行定量分析，对假设进行验证。通过理论分析与实证分析的结合，本文得出如下结论与建议：一是从短期来讲，产学研合作各方由于彼此之间的沟通、信任存在一定的问题，阻碍了合作创新的顺利实施，产学研合作创新对医药产业创新效率的提升有负面影响。二是从长期来讲，随着时间的推移，主体间能够从整体利益角度出发，合理分配创新资源，发挥各自的最大优势，在有限的创新投入下能够获得较多的创新产出，产学研合作创新对医药产业创新效率提升有正向影响，三是产业集聚利于知识、技术等信息的无意识扩散，产业集聚度越高越有利于产业创新效率的提升。