[目 的]通过建立诊断试验研究方法,比较宏基因二代测序（metagenomic Next-Generation Sequencing m NGS）与培养、涂片、抗体检测等传统方法在肺部感染病原学诊断中的检测效能,研究将二者联合诊断能否提高检测效率;分析宏基因二代测序在检测混合感染中的优势;比较m NGS与传统方法在细菌、病毒、真菌、结核分枝杆菌等各类病原体中的检测效率;研究宏基因二代测序与传统方法检出病原体分布情况;探讨宏基因二代测序最佳检测标本,为临床应用提供参考。[方法]收集2019年11月至2021年12月在昆明医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科二病区住院,疑诊肺部感染且已行m NGS检测的患者共66例。收集患者的基线资料、临床症状、感染指标、影像学检查、病理诊断、传统方法结果、mNGS检测结果等临床资料,分析临床资料得出临床诊断。以临床诊断为金标准,计算灵敏度、特异度、Kappa值等指标,绘制ROC曲线,比较传统方法、mNGS、二者联合诊断的检测效能,并比较m NGS与传统方法在混合感染以及细菌、病毒、真菌等各类病原体中的检出例数及病原体分布,对比各种标本m NGS阳性例数,探讨最佳检测标本。[结果]1.m NGS灵敏度与特异度均较高,且具有最高的ROC曲线下面积、约登指数、Kappa值。传统方法、mNGS、二者联合诊断的灵敏度分别为:34.78%、86.96%、95.65%;特异度分别为:85%、95%、75%;ROC曲线下面积分别为:0.563（95%CI:0.415-0.711,P=0.418）、0.885（95%CI:0.789-0.980,P=0.000）、0.817（95%CI:0.688-0.946,P=0.000）;约登指数分别为:0.2、0.77、0.71;Kappa 值分别为:0.16、0.728、0.663。2.mNGS在混合感染中的检出率高于传统方法。传统方法检出1种和2种病原体例数相当;m NGS检出≥3种病原体18例,而传统方法无检出。3.m NGS检出细菌、病毒、真菌、结核分枝杆菌、罕见病原体例数明显多于传统方法,尤其在病毒、真菌中差异明显,但检出肺炎支原体少于传统方法。4.m NGS检出细菌以革兰阴性菌为主,前五位分别为肺炎克雷伯菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、大肠埃希菌。革兰阳性菌前五位分别为粪肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、屎肠球菌、停乳链球菌。病毒主要为各型人类疱疹病毒、人类瘤病毒、人类细小病毒、细环病毒。真菌主要为白色念珠菌,其次为耶氏肺孢子菌、烟曲霉。m NGS除检出结核分枝杆菌外,还检出一例非结核分枝杆菌。m NGS检出肺炎支原体和嗜肺军团菌两种非典型病原体。m NGS检出罕见病原体3例而传统方法未检出,分别为鼻疽诺卡菌、库德里阿兹威毕赤酵母菌、堪萨斯分枝杆菌各1例。5.支气管肺泡灌洗液（Bronchoalveolar Lavage Fluid,BALF）是 m NGS 检测肺部感染阳性率最高的标本。m NGS共检测BALF标本40例,37例阳性,共检测血液标本10例,仅有2例阳性,另有组织和胸水各1例为阳性结果。[结论]1.m NGS检测效率高于传统方法,联合诊断可进一步提高灵敏度,是临床病原学诊断的有效补充方法。2.在混合感染中,m NGS较传统方法敏感,可作为重症肺炎、传统方法检测阴性及临床疑诊混合感染等患者的首选检查方法。3.m NGS在细菌、病毒、真菌、结核等病原体中的检测效率均高于传统方法,尤其在病毒、真菌、罕见病原体方面优势明显。4.本研究肺部感染病原菌以革兰阴性菌为主,其次为真菌感染,结核、罕见病原体较少。5.BALF是m NGS检测肺部感染最佳标本。