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本研究采用中心产区典型群随机抽样方法,对海子水牛、山区水牛进行体型外貌评定以及屠宰测定;在东台市,检测30头海子水牛12对微卫星位点的遗传多态性,并引用山区水牛相同资料进行遗传多样性比较分析,研究表明:(1)两个品种水牛在外貌形态特征上存在一定的相似之处,但也存在一些差异:海子水牛毛色为黑褐色的占82.4%,灰色占16.2%,黑色占1.4%;山区水牛则全部为黑色。海子水牛鼻镜为黑色的占48.6%,黑褐色的占51.4%。海子水牛不同个体外貌形态特征差异较大,山区水牛不同个体外貌形态特征较一致。(2)海子水牛在体重、体长、管围指标上都高于山区水牛。(3)通过对两品种水牛主要体尺性状指标的主成份分析可知,第一主成分的贡献率最高,达72.01%,第二、三主成分的贡献率分别为11.66%和9.43%,而且各性状之间均为正的相关,体现了海子水牛作为良种役用水牛的特征。(4)两品种水牛眼肌、腿肌的肉色均为7级,大理石纹均为2级,山区水牛肌肉pH值、系水率、熟肉率显著高于海子水牛,失水率、嫩度显著低于海子水牛。(5)在肌肉常规成分方面,相同部位两品种间无显著差异,但在同一品种不同部位,粗脂肪含量都是眼肌极显著低于腿肌,热量都是眼肌极显著高于腿肌。(6)12个微卫星座位中共检测到97个等位基因,且每个座位中都有优势等位基因存在。TGLA-122座位检测到的等位基因数目最多,为21个;其次是CSSM043座位,为14个等位基因;等位基因数目最少的座位为IDVGA-11座位,仅检测到2个等位基因。(7)海子水牛和山区水牛平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.5400和0.6316,0.4841和0.6064;各座位多态信息含量和杂合度除单态座位外分别在0.0323～0.8981和0.0328～0.9057之间。另外,观测杂合度明显低于期望杂合度,两者差值在0.1~0.6之间。除ETH-225、ETH-3、IDVGA-2和TGLA-227等位基因观察数和有效等位基因数非常接近外,其他位点的等位基因数与有效等位基因数的值相差较大,因此可以初步推测两个水牛群体内近交程度较高,还有待于进一步研究验证。