柴达木黄牛是我国优良的地方黄牛品种之一,主产于青海省海西蒙古族藏族自治州柴达木盆地及其边缘的高海拔地区。柴达木盆地及其周边地区特殊的生态环境、植被状况和地理位置,造就了柴达木黄牛具有较强的抗逆性、耐粗饲和高海拔适应性等特点。当前,柴达木黄牛面临种质资源保护薄弱,选育进展缓慢,且又缺乏相应的遗传学基础数据这一现状。鉴于此,本研究在格尔木市、都兰县、乌兰县、茫崖市和大柴旦行政区共随机采集268头柴达木黄牛个体（106♂、162♀）样品,利用PCR产物直接测序技术对其Y染色体SRY、ZFY基因和线粒体（mt DNA）cyt-b基因进行测序和序列比对分析,基于较大样本量从父系和母系遗传角度对柴达木黄牛的分子遗传多样性、群体遗传结构及系统发育进行综合分析,以期准确地评估柴达木黄牛的分子遗传多样性水平,揭示其种群遗传结构组成和遗传背景,为其遗传资源的保护和开发利用奠定基础。获得主要研究结果如下:（1）柴达木黄牛具有丰富的母系遗传多样性,但其父系遗传多样性水平较低。柴达木黄牛的母系单倍型多样度为0.5882±0.0300,父系单倍型多样度为0.3430±0.0456。在柴达木黄牛品种内,都兰、茫崖2个群体具有较高的父系和母系遗传多样性,提示茫崖和都兰2个群体遗传变异相对丰富。（2）柴达木黄牛品种内5个群体间存在不同程度的遗传分化,群体间分化水平较高。父系遗传分析表明格尔木和都兰群体间分化程度最大,大柴旦和乌兰群体间的分化程度最小;母系遗传分析显示格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大,大柴旦和茫崖群体间的分化程度最小。（3）柴达木黄牛品种内5个群体（即大柴旦、乌兰、格尔木、茫崖和都兰）可聚为2类,但基于父系和母系遗传分析的群体间聚类结果稍有差异。（4）柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系支系组成,有2个母系起源。同时,还存在少量牦牛基因的渗入,占总头数的1.12%。（5）柴达木黄牛由Y1和Y2两个普通牛父系支系（单倍型组）组成,以Y2支系（单倍型组）为主（占78.3%）,Y1支系（单倍型组）为辅（占21.7%）,拥有普通牛父系起源。上述研究为全面了解柴达木黄牛的分子遗传多样性、群体遗传结构及遗传背景提供了基础数据,有助于今后开展其本品种选育、杂交改良和种质资源的合理保护和开发利用。