本试验根据GenBank上已发表的牛（NC₀07301）和狗（NC₀06607）的melanophilin基因序列进行设计引物,扩增山羊melanophilin基因的从部分内含子1至外显子16序列片断（在内含子2和内含子9中由于特殊序列结构分别有两个估计12.5KB和7KB的缺口没有测通）,测序总长度为19289bp,已提交到GenBank,序列号为EU316218。为比较不同物种MLPH基因分化程度,也同时测定了绵羊MLPH基因相应序列,序列号为:EU316219。根据测序结果发现了山羊melanophilin基因序列上的76个点突变,其中处于外显子的有18个,内含子的58个。依据序列号EU316218上的位置来命名这些突变位点,处于外显子上的18个点突变分别为2486A＞C、5620A＞G、8731C＞G、8743G＞A、8753G＞A、8765C＞T、8782C＞T、11512G＞A、11584G＞A、13998G＞A、14012A＞G、17308T＞C、18904A＞G、18927G＞T,18951A＞G、18929T＞C、18955A＞C、和18977A＞G。其中引起蛋白质的氨基酸序列的改变的点突变共有6个,分别是Ala8731Gly、Arg8743His、Pro8782Leu、Asp11512Asn、Gly11584Ser以及Lys14012Arg。处于内含子的58个点突变分别为1468G＞T、2260G＞A、2517G＞A、5644C＞T、7935T＞C、7958C＞T、7972G＞A、8067G＞C、8068C＞T、8151G＞A、8242G＞A、8580T＞A、8587C＞A、8610G＞A、8645C＞T、9109G＞A、9385T＞A、8892T＞A、8923C＞G、9009G＞A、9125G＞A、9179G＞C、9613T＞C、9656A＞C、10028A＞G、9918C＞T、10745G＞T、10831C＞T、10515C＞T、10813C＞T、10925T＞G、11362G＞A、11395A＞G、11421T＞C、11832C＞A、13542T＞C、13774A＞C、13782C＞G、13797A＞G、13898A＞C、14992G＞A、15144G＞A、15146A＞G、15592T＞C、15897T＞C、17041C＞T、17078T＞C、16710T＞A,16711C＞A,16761G＞A、16878G＞A、17041C＞T、17047T＞C、17078T＞C、17200C＞A、17885C＞T、18634T＞A、和18740C＞T。研究发现在melanophilin基因的8580T＞A、8587C＞A、8610G＞A、8645C＞T、8731C＞G、8743G＞A、8753G＞A、8765C＞T和8782C＞T九个点突变位点呈现完全连锁现象。并且在我们测序的108个山羊个体中,野生纯和个体为92个,杂合个体16个,所以推测该连锁位点可能为隐性致死基因。且该位点突变率在雷州黑山羊中分布最高,为38.46%。11584G＞A位点上检测到G和A两个等位基因。我们研究的9个山羊品种304个个体中A为优势等位基因（83.88%）,突变率在不同品种中存在差异,分析表明,成都麻羊突变率最高（39.58%）,其次为南江黄羊（在快长系、高繁系和黑色系中分别为29.41%、27.14%和26.53%）。剩余的几个品种中,除了承德无角山羊突变率为13.89%外,其余四个品种,包括济宁青山羊、雷州山羊、辽宁绒山羊和唐山奶山羊中,突变率都不足2%。并且GG基因型只在成都麻羊和南江黄羊三个品系中出现,所以等位基因G可能为隐性,且与南江黄羊和成都麻羊特征性的麻褐色有关。在获得的山羊序列的3’UTR区,发现罕见的poly（A）加尾信号AATAAG,我们比较了不同物种的加尾信号。结果发现,其他基因中高度保守的AATAAA,对于MLPH基因只在人、大猩猩、小鼠和挪威鼠中发现,另外一个单碱基突变体AATGAA在牛和负鼠中发现。然而某些物种中,找不倒一个合适的六核苷聚体可以认为是加尾信号或其变异体。可能源于MLPH基因较高的突变率,或者在MLPH基因的表达过程中有其不同于其他基因的方式。对于终止密码子,大部分物种使用TAA,包括山羊、绵羊、牛、马、猪、人、大猩猩和小鼠。三个物种使用TGA,包括猫（正常的和提前终止的）,狗和挪威鼠。TAG作为终止密码子只在负鼠和鸡中发现。氨基酸序列长度在物种间变异很大,从鸭嘴兽的487aa到鸡的617aa,平均长度577.7aa,标准偏差34.6aa。对于偶蹄动物,变化从猪的577aa到绵羊610aa。通过对4个偶蹄动物的序列比对,发现在绵羊193到196位有4个氨基酸残基（QPQP）的插入,在237到262位有26个残基插入（SLDWKDPHSKELPVPSETCRPFPCAQ）。在猪中发现两个缺失,一个为6个氨基酸残基（QEAGIL）位于249位之后,另一个为384位之后一个残基E缺失,这两个缺失片段在其他三个偶蹄动物中为100%一致。总体来说,MLPH基因变异度很大,以牛的氨基酸序列为参考,于其他物种的氨基酸一致性分别为山羊90.82%、绵羊88.52%、马66.39%、猫64.10%、狗64.02%、猪69.69%、人59.61%、大猩猩55.03%、小鼠、53.97%、挪威鼠53.50%、负鼠28.20%、鸭嘴兽34.67%和鸡39.37%。对于不同物种间mRNA序列,在山羊、绵羊和其他11个哺乳动物中,总体平均遗传距离（p-distance模型）和标准差分别为0.447和0.014。当用不同物种间的氨基酸序列重新计算这些数值时,结果变大。哺乳动物间的总平均为0.523,标准差0.025。用软件Mega3.1中UPGMA法计算得到的分歧指数检测矩阵见表3-6。当换用相应的氨基酸序列重新计算该矩阵,原来91个达到P＜0.05的配对检验中只剩下38个,大都也在原来91个之中。以上两种参数比较都说明MLPH基因在物种间氨基酸序列的变异要大于mRNA的变异,表明在进化过程中MLPH基因在编码区的同义突变较之错义突变要少许多。另外,EST作为cDNA的随机测序结果,对研究组织的基因表达有重要意义,本文对来自山羊来自带毛囊的皮肤和乳腺两种组织的EST序列进行了综合及分类分析,结果显示,在来源于绒山羊含毛囊皮肤的392条EST序列中有48条为编码角蛋白或角蛋白关联蛋白的基因;在乳腺来源的245条EST中则无此类基因,而是如免疫球蛋白基因、维生素转运蛋白基因、MHC等诸多种类基因,以免疫和酶类居多。两类不同组织来源的EST相应基因相似之处最显著的是编码核糖体蛋白的基因,其中含毛囊皮肤组织的EST中有15.1%,乳腺组织为21.6%,并且有两种不同组织来源的EST组成的26条基序（contigs）中,编码核糖体蛋白的有17条,高达65.4%。