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近年来,烟用材料的质量和安全日益成为业内和公众关注的焦点,研究表明烤烟叶面环境蕴藏着较为丰富的微生物资源,对烟叶品质的改变发挥着重要作用。但是,卷烟制丝工艺和人们直接入口吸食的卷烟产品的烟叶表面微生物的群落结构及其与烟叶品质的关系的研究还未有报道；此外,由于方法和技术的局限性,已有研究缺乏对卷烟加工及储存过程中烟叶表面环境微生物生态系统全面、系统和深入的认识。本研究首先利用高通量测序技术和QIIME管道对R和Z两种牌号卷烟不同制丝工艺和不同放置方式的卷烟产品中烟叶表面细菌和真菌群落结构、优势菌群组成及各样点优势类群的变化规律进行研究。在细菌类群的分析中,R牌号卷烟薄板制丝工艺中有12个门,厚壁菌门(Firmicutes),变形菌门(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria)和蓝藻菌门(Cyanobacteria)为优势菌群；气流制丝工艺中有21个门,变形菌门(Proteobacteria),蓝藻菌门(Cyanobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群。Z牌号卷烟薄板制丝工艺中有18个门,变形菌门(Proteobacteria),蓝藻菌门(Cyanobacteria),厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌群；气流制丝工艺中有13个门,优势菌群的组成与薄板制丝工艺相同。不同放置方式的R牌号卷烟产品中有20个门,厚壁菌门(Firmicutes),蓝藻菌门(Cyanobacteria),变形菌门(Proteobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌群；Z牌号卷烟产品中有17个门,蓝藻菌门(Cyanobacteria),变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群。在真菌类群的分析中,R牌号卷烟薄板制丝工艺中有2个门,子囊菌门(Ascomycota),担子菌门(Basidiomycota)和未被分类类群(Unclassified fungi)为优势菌群；气流制丝工艺中有3个门,优势菌群的组成与薄板制丝工艺相同。Z牌号卷烟薄板制丝工艺中共6个门,子囊菌门(Ascomycota),壶菌门(Chytridiomycota),担子菌门(Basidiomycota)和未被分类类群(Unclassified fungi)为优势菌群；气流制丝工艺中有5个门,优势菌群的组成与薄板制丝工艺相同。不同放置方式的R和Z牌号卷烟产品中都含有6个门,且类群相同；优势菌群的组成也相同,有子囊菌门(Ascomycota),担子菌门(Basidiomycota),壶菌门(Chytridiomycota)和未被分类类群(Unclassified fungi)。细菌和真菌资源丰富,有较大的挖掘潜力。两种牌号所有制丝工艺中,细菌和真菌优势类群的变化表现出相同的规律：随着加工工序的进行,同一制丝工艺各样点优势类群的种类和数量不断变化,制丝工艺的处理对优势类群的影响较大；两种牌号所有放置方式的卷烟产品中细菌和真菌优势类群的变化也表现出相同的规律：随着放置时间的延长,优势类群在不断地发生着变化,与对照相比,差异越来越大。然后采用连续流动法对代表性烟叶样品进行了常规化学指标(总糖、植物碱、氮、氯和钾)含量的检测,以优势类群的分布和常规化学指标的含量变化为研究对象,通过统计学分析探究烟叶品质的变化和细菌、真菌优势类群的变化的关系,得知与烟叶品质变化存在紧密联系的优势类群。基于不同制丝工艺处理前后的烟叶(8个)和四个城市中分别放置一个月的卷烟产品及对照品(10个)进行常规化学指标含量的主成分分析(PCA)表明：制丝工艺和放置前后的烟叶常规化学指标含量都有明显差异。冗余分析(RDA)表明：不同制丝工艺前后的烟叶表面细菌和真菌优势类群在烟叶品质的变化中都发挥着重要作用,真菌优势类群与各化学指标之间的总体影响程度比细菌高,细菌的厚壁菌门(Firmicutes)和真菌的壶菌门(Chytridiomycota)、担子菌门(Basidiomycota)对烟叶品质的改变至关重要；不同城市放置前后的卷烟产品中的细菌优势类群在烟叶品质的形成中发挥着重要作用,真菌优势类群与烟叶品质之间的作用不明显,细菌的变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和真菌的壶菌门(Chytridiomycota)、担子菌门(Basidiomycota)对烟叶品质的改变最为重要。通过以上研究,充分了解卷烟加工及储存过程中微生物群落结构与其品质的关系,从而为微生物资源的发掘和烟叶品质的人工调控提供科学依据和理论指导。