目的：评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对临床常见细菌的快速鉴定中的应用。方法：本文报告了复旦大学附属中山医院临床分离的960株细菌和59株酵母样菌,采用MALDI-TOFMS技术(使用的是Vitek MS)和常规鉴定(Phoenix或API板条或手工鉴定)方法比较,两种方法不一致的菌株采用16S rRNA或rpoB测序作为金标准。结果：共得到960株细菌,包含32个属的78种细菌。采用细菌鉴定仪和Vitek MS鉴定比较的共900株,细菌鉴定仪鉴定到种的为745株(82.8%),鉴定至属的为880株(97.8%)。Vitek MS种水平的鉴定为848(94.2%)株,属水平鉴定为890(98.9%)株。Vitek MS与细菌鉴定仪种水平鉴定比较有统计学意义,P=0.000。采用API板条或其他手工方法鉴定与Vitek MS鉴定相比较的菌株为60株,常规方法鉴定到种的为47(78.3%)株,Vitek MS鉴定到种的为56(93.9%)株。手工方法和Vitek MS种水平鉴定比较有统计学意义,P=0.034。酵母样菌共纳入59株,包括有56株非白念珠菌,有2株新型隐球菌和1株阿沙毛孢子菌,Vitek MS种水平的鉴定为84.7%。传统的常规方法鉴定细菌一般需要2-48h,操作繁琐,耗材昂贵,VitekMS鉴定只需几分钟,耗材少。结论：和传统的鉴定方法相比,MALDI-TOF MS具有快速、准确和经济的优点,提升微生物鉴定在临床的价值。