为建立刺五加转录组数据库、获得三萜皂苷高含量组(B)与低含量组(M)刺五加间差异性表达基因以及法尼基焦磷酸合酶基因(FPS)全长,采用Illumina Hi Seq 4000测序平台的二代测序技术、生物信息学方法、PCR和热不对称交错PCR(TAIL-PCR)技术进行研究,并取得了以下主要结果:1)刺五加转录组共有8.34 Gb,77087条Unigenes,总长52940804 nt,平均长度为687 nt,N50长度为1207 nt。与7个基因数据库进行比对,有29348条Unigenes获得注释信息,其中与葡萄的同源性最高;归于55个GO分类和24个COG分类;涉及到116个KEGG标准代谢途径。预测出59098条CDSs、5028个SSRs以及162831个SNPs。2)筛选出差异性表达基因530条,上调基因有223条,下调基因307条。与GO、COG和KEGG进行比对,共有434条基因获得注释。3)FPS全长为7952 bp,A/T含量64.29%。FPS转录起始位点为G,位于起始密码子ATG上游117 bp处,含有12个外显子和11个内含子。启动子中有120个顺式作用元件,分为25个类型,其中含有核心功能元件TATA-box 62个和CAAT-box 24个,以及其他类型的重要功能元件28个。经连接p CAMBIA1301载体、转染拟南芥,证明该启动子具有启动子活性。结论如下:1)首次建立刺五加转录组数据库,得到大量转录本信息,为刺五加分子生物学的研究提供了宝贵的基因组资源。2)筛选出三萜皂苷高低含量组间的差异性表达基因,为进一步研究三萜皂苷的生物合成与积累提供参考。3)首次克隆刺五加FPS全长,为后续深入研究FPS在刺五加中的表达调控奠定基础。