巨额财产来源不明罪设立至今已有二十四年,本着严密法网,严惩腐败犯罪的目的,对预防和惩治国家工作人员贪污受贿行为发挥了重要的作用。由于法律对巨额财产来源不明罪仅作概括性规定,且相关的司法解释也较少,无论是理论界,还是实务界,围绕该罪的争论都从未停歇过。尤其是在2009年《刑法修正案(七)》通过后,研究该罪的法律适用、追诉时效等问题更加显得迫切和紧要。本文结合案例对巨额财产来源不明罪的认定进行分析,首先通过案例的方式介绍本罪认定过程中存在的争议及相关的理论依据；然后分别围绕认定该罪的六大疑难问题进行深入探讨,并提出自己的观点。其中探讨的六大疑难问题主要有：1、对法条所表述的犯罪行为内容的理解和《刑法修正案(七)》应如何适用的问题；2、在具体案件巾《刑法修正案(七)》的溯及力、该罪的追诉时效应该如何起算；3、该罪的行为主体“国家工作人员”具体指哪些人,离退休国家工作人员是否是本罪的当然主体；4、国家工作人员与其他人(包括国家工作人员与非国家工作人员)共同持有来源不明的巨额财产,是否构成共同犯罪；5、犯罪行为人何时起持有的来源不明的财产应该计入犯罪数额中;6、自首制度是否适用与本罪以及适用的条件。