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本文利用纸片扩散法、PCR-琼脂糖凝胶电泳法、PCR-变性高效液相色谱(Denaturing High Performance Liquid Chromatography, DHPLC)法、实时荧光PCR法以及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法(Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry, MALDI-TOF MS)等5种检测方法,对不同食品源的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和大肠杆菌(Escherichia coli)的耐药性进行了检测及溯源研究,检测样品包括猪肉、牛肉、鱼肉、鸡肉等动物源食品,食物中毒患者及食品加工相关人员。通过各类检测研究建立了耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-Resistant S.aureus,MRSA)氨基糖苷类抗生素、红霉素类抗生素及四环素类抗生素耐药基因PCR检测方法,大肠杆菌鉴定及I类整合子检测、四环素类抗生素及常见耐药基因PCR检测方法,并利用MALDI-TOF MS法对金黄色葡萄球菌,大肠杆菌进行耐药性检测及溯源研究,为我国进出境检疫检验及食品安全检测提供科学依据。1.利用纸片扩散法分别测定了金黄色葡萄球菌对12种抗生素耐药表型以及大肠杆菌对8种抗生素耐药表型。检测结果表明,97株金黄色葡萄球菌除对万古霉素全部敏感外,对苯唑西林、头孢西丁、氨苄西林、庆大霉素、卡那霉素、妥布霉素、红霉素、克林霉素、四环素、环丙沙星、左氧氟沙星的耐药及中介耐药菌株检出率分别为50.51%,52.58%,85.57%,40.21%,44.33%,42.27%,76.29%,71.13%,58.76%,59.79%,56.70%。47株大肠杆菌中检出产超广谱β-内酰胺酶(Extended-spectrum β-lactamases, ESBLs)菌株29株；对四环素、环丙沙星、妥布霉素、庆大霉素、头孢西丁、头孢吡肟、氨曲南耐药及中介耐药的菌株检出率分别为70.21%,20.27%,19.14%,14.89%,25.53%,4.3%,70.21%,对亚胺培南均敏感。2.利用PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳及DHPLC方法对金黄色葡萄球菌的MRSA、常见氨基糖苷类抗生素耐药基因、红霉素耐药基因、四环素耐药基因进行研究,分别建立起耐甲氧西林金黄色葡萄球菌／甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(Methicillin Susceptible S.aureus, MSSA)氨基糖苷类抗生素耐药基因四重PCR检测方法,MRSA/MSSA红霉素耐药基因四重PCR检测方法,MRSA/MSSA四环素耐药基因三重PCR检测方法。研究所建立方法的特异性及灵敏度,并检测实际样品中的分离株,比较PCR检测结果与耐药表型,验证方法的实用性。结果表明,本试验所建立的耐药基因型检测方法具有较好的特异性,灵敏度。比对所建立方法检测实际样品的耐药基因检测结果与耐药表型结果,符合率均达到90%以上,说明所建立方法对食源性金黄色葡萄球菌耐药性检测具有良好的实用性。3.国内首次建立了使用荧光实时PCR方法检测针对食源性金黄色葡萄球菌ermA、 ermC、aph(3’)-Ⅲa和aacA-aphD的检测方法。本文利用实时荧光PCR方法建立起金黄色葡萄球菌鉴定及常见耐药基因的检测方法,并研究方法的特异性和灵敏度,同时与金黄色葡萄球菌常规PCR检测结果比对,研究表明本试验所建立的耐药基因型检测方法具有较好的特异性,灵敏度和实用性,且该检测方法比常规PCR方法更加快速。4.利用PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳及DHPLC方法对大肠杆菌,I类整合子、四环素耐药基因、常见耐药基因进行研究,分别建立起大肠杆菌鉴定及I类整合子二重PCR检测方法,四环素耐药基因二重PCR检测方法及大肠杆菌常见耐药基因四重PCR检测方法。研究所建立方法的特异性及灵敏度,并检测实际样品中的分离株,比较PCR检测结果与耐药表型,验证方法的实用性。检测结果表明,本试验所建立的耐药基因型检测方法具有较好的特异性及灵敏度。比对所建立方法检测实际样品的耐药基因检测结果与耐药表型结果发现,建立方法对大肠杆菌鉴定及其耐药基因鉴定具有较好效果,且可检出携带blaCTX-M-1及blacTX-M-9基因而耐药表型为非产ESBLs菌株,说明所建立方法对食源性大肠杆菌耐药性检测具有良好的实用性。5.国内首次应用MALDI-TOF MS的数据库比对及聚类分析方法对检测食源性金黄色葡萄球菌、大肠杆菌耐药菌株及溯源研究。本研究利用MALDI-TOF MS方法检测金黄色葡萄球菌及大肠杆菌,并将试验菌株MALDI-TOF MS数据自定义到数据库中,比较原数据库与新建数据库对金黄色葡萄球菌及大肠杆菌耐药性的鉴定结果,结果发现,MALDI-TOF MS以数据库比对方式对区分此101株金黄色葡萄球菌耐药／敏感菌株具有较好的能力,且对MRSA/MSSA的区分准确率可达70%以上；对大肠杆菌耐药菌株鉴定具有较好的提示作用,新建数据库后对耐药菌株／敏感菌株的鉴别可达70%以上。MALDI-TOF MS以聚类分析法对金黄色葡萄球菌,大肠杆菌耐药性进行溯源研究,结果表明,MALDI-TOF MS方法尽管尚不能直接确定金黄色葡萄球菌及大肠杆菌耐药性,但可用于耐药菌株的筛选及溯源研究。