改革开放以来，小规模的农户经营如何面对激烈的现代农业市场竞争，始终是困扰我国农业发展的重大问题。在此背景下，农民合作经济组织应运而生。实践证明，以农民专业合作社为主要代表的农民合作经济组织，可以有效地提高农民的组织化程度，实现规模经济，是农民增收的重要渠道，也是我国农业实现转型升级的重要载体，具有广阔的发展前景。内部控制服务于企业内部管理，是任何一种经济组织管理中不可或缺的部分。虽然农民专业合作社作为一种新兴的农村经济组织形式，为我国农业经济带来了新的增长点，但是其内部控制方面仍然存在控制环境较差、抗风险能力较弱、控制活动较少、内部监督形同虚设等许多问题，因此，对农民专业合作社的内部控制进行评价研究，寻求影响其内部控制的主要因素，探索内部控制与合作社绩效之间的相关性，对完善农民专业合作社内部控制体系的建设，促进其健康、长远地可持续发展具有重大的理论和现实意义。尽管农民专业合作社在我国农村经济中已经发展了很长时间，国内专家学者对农民专业合作社的研究不断增多，但是针对其内部控制方面的研究却很少见，基于农民专业合作社内部控制的实证研究更是趋于空白。基于上述考虑，本研究主要采用文献研究、问卷调查、实地访谈、实证分析以及案例分析等方法，通过文献研究梳理国内外研究现状；通过问卷调查和均值分析，全面了解安徽省农民专业合作社内部控制的现状，并深入分析了安徽省农民专业合作社内部控制存在的问题；通过多元逐步回归和一元线性回归的分析方法，研究了安徽省农民专业合作社内部控制的影响因素以及内部控制与净资产收益率之间的关系；并在实地调研的基础上，根据研究结果归纳出一般的结论，为我国农民专业合作社内部控制的进一步发展、完善提出有针对性的意见和建议。文章最后对省级示范社安徽省乐民稻米开发合作社进行了案例分析，期望通过这个典型农民专业合作社实施内部控制的经验对其他合作社有所启示。