本文结合光纤倏逝波生物传感器技术，研制了一套病菌检测仪器。该仪器主要用于对船舶压载水中指示型微生物的现场快速检测。仪器中采用特定结构的光纤光路将传感器前端光纤探针耦合的荧光信号传入后续光电信号处理系统。文中对此种表征了某种生物信息的荧光信号的信号特征进行了详细分析，并据此设计了相应的光电转换模块与数据采集模块。其中，光电转换模块将荧光信号转换为便于处理的电信号，数据采集模块对转换后的模拟电信号采样并通过USB接口将采样数据送入上位机进行处理。为了提高检测精度，仪器中对激发光的发光强度进行了方波调制，使得光电探测器件输出的电信号具有了区别随机噪声的周期特性，然后利用了虚拟仪器技术，采用正交锁相检测方法，完成对采样信息的最终处理。文中最后给出了直接结合法验证仪器探测荧光信号能力的实验结果。