近年来,红罗非鱼在我国受到广泛欢迎,由于其体色艳丽,肉质细嫩,越来越受到广大养殖户和消费者的喜爱。为研究红罗非鱼的繁殖和生产特性,中国水产科学研究院淡水渔业研究中心分别于2009年引进了马来西亚红罗非鱼,2014年通过福建引进台湾红罗非鱼和以色列红罗非鱼,并一直在宜兴实验基地进行驯养繁殖。本实验以台湾、以色列和马来西亚3个红罗非鱼群体为研究对象,从形态学、分子生物学特征上对其遗传结构及遗传多样性进行研究,并对群体间交配组合后代的生长性能进行了比较分析。首先,通过测定台湾红罗非鱼、以色列红罗非鱼和马来西亚红罗非鱼群体的形态参数,采用单因素分析、主成份分析和聚类分析3种多元分析方法,比较了3个红罗非鱼群体的形态差异;并通过回归分析,建立多元回归方程,对比分析了3个群体间形态性状对体质量的影响。结果显示,以色列和马来西亚红罗非鱼群体形态最接近,而与台湾红罗非鱼群体形态差异较大;主成分分析构建了3个主成分,其贡献率分别为34.8%、16.7%、13.0%,累计贡献率为64.5%;多元分析结果表明,3个红罗非鱼群体在形态上已经产生一定程度的差异,且主要表现在全长、体高、头长、吻长和尾柄高这5个形态性状指标上。其次,通过14对微卫星标记对3个红罗非鱼群体进行遗传多样性分析。结果显示,14个微卫星位点全为高度多态性位点,平均等位基因数是14.87,平均观测杂合度是0.72,平均期望杂合度是0.75,平均多态性含量是0.72;3个群体均表现了较高的遗传多样性水平,且以色列和台湾红罗非鱼群体的多样性水平高于马来西亚红罗非鱼群体。台湾和以色列红罗非鱼群体间的遗传分化指数为负值,表明这两个群体间无遗传分化,而和马来西亚红罗非鱼群体间均存在显著分化(P<0.05);说明台湾和以色列红罗非鱼的亲缘关系较近,而和马来西亚红罗非鱼的亲缘关系较远,这和基于遗传距离构建的UPGMA树结果一致。并与STRUCTURE分析结果相符,说明台湾和以色列红罗非鱼群体的个体间存在一定程度的混杂,而与马来西亚红罗非鱼群体的个体划分明显。分子方差分析结果表明,8.7%的遗传变异来自群体间的遗传分化,达到极显著水平(P<0.01)。最后,将台湾、以色列和马来西亚3个红罗非鱼群体进行完全双列杂交,探讨各个杂交组合子一代的生长性能差异,并对它们的杂种优势进行评估。结果显示,台湾红罗非鱼(♀)×马来西亚红罗非鱼(♂)子一代的绝对增重率、瞬时增重率和体质量变异系数分别为3.07、0.04、0.24,具备更快的生长速度和更为整齐的规格;台湾红罗非鱼(♀)X马来西亚红罗非鱼(♂)子一代的超亲本杂种优势和平均杂种优势最大,且均为正值,说明其生长速度超过亲本,并超过其他杂交组合子一代,因此台湾红罗非鱼(早)×马来西亚红罗非鱼(♂)组合更具备生长优势,具有较高的选育潜力。研究表明,不同红罗非鱼群体间存在形态差异和遗传分化,通过不同群体间的交配设计可以获得较好生长性状的改良应用,可为红罗非鱼遗传改良研究提供实践依据。