海关特殊监管区是我国改革开放走向深入的见证和缩影,是国家提升整体对外开放水平的重要平台。近年来,随着中国—东盟自由贸易区建设与“一带一路”战略等深化改革开放举措的不断提出与落实实施,广西发展迎来新的历史发展机遇。作为广西深化改革发展的前沿阵地——广西北部湾经济区海关特殊监管区域发挥着巨大的带动与辐射作用。本文通过对比分析法、案例分析法和统计分析法,梳理出广西北部湾经济区海关特殊监管区域管理目前存在着功能碎片化与服务裂解性困境,通过从区域发展失衡、功能交叉重叠、区域协作不力等方面解析困境产生根源,并充分借鉴国内外海关特殊监管区域管理的先进经验,从而提出从监管思想转变、功能与层级整合、协作机制建构、市场与资源整合、政策制定与执行整合、监督制度、技术整合等七方面建构出广西北部湾经济区海关特殊监管区域整体性治理架构与治理体系,从而切实提升广西北部湾经济区海关特殊监管区域管理水平,以此推动广西北部湾经济区全面、可持续、健康发展,进而助推整个广西经济社会全面、跨越式发展,从而为国家沿边沿海多民族地区海关特殊监管区域管理体制改革提供裨益的启鉴。