近年来我国社会经济快速发展,人民生活水平不断提高,数量和价格已经不再是消费者选择生鲜农产品的唯一标准,人们更注重产品的质量和安全,因此对生鲜农产品流通提出了较高的要求。目前我国生鲜农产品流通体系已经基本形成,但与发达国家相比,还有较大的差距,流通成本高,流通效率低等境况仍然没有得到根本性的改变。而国外一些如美国、日本等发达国家在生鲜农产品流通方面发展十分成熟,其中日本与我国农业条件十分相似,因此研究我国和日本生鲜农产品流通体系,借鉴日本的运作经验以探寻解决我国生鲜农产品流通问题的方法,具有重要的现实意义。本文首先对生鲜农产品的内涵、生鲜农产品流通体系和物流运作特征进行了归纳总结；其次结合中日15家企业和机构的实际调研情况,对两国生鲜农产品流通体系中的渠道体系要素、流通载体要素以及规范和支撑要素进行了分析,总结出两国生鲜农产品流通体系的优劣；最后运用流通论、现代物流理论和交易费用理论进行定性对比分析,得出我国流通主体组织化程度低,核心功能不突出,流通渠道衔接不紧密,物流运作能力低,流通载体规范化程度低,交易方式原始,实体要素不完善,技术要素落后,制度要素不健全是造成我国生鲜农产品流通与日本存在差距的主要原因。基于模糊评价理论,本文还构建出中日生鲜农产品物流运作综合评价指标体系。结合两国实际调研数据,运用模糊综合评价法对两国生鲜农产品物流运作进行了模糊评价,得出在物流运作方面,日本属于A级水平,而我国属于C级水平,运作环境差,运作能力有限,运作绩效不高是造成两国物流运作存在差距的主要原因。因此提高流通主体组织化程度、减少流通环节,缩短流通渠道,完善流通载体要素以及规范和支撑要素,实施全面化的供应链管理对改善我国生鲜农产品流通体系十分重要。