本文首先研究了企业孵化器有关的概念、发展的历史背景和现实意义，明确了企业孵化器的建设对于转化科技成果、扶植新创企业、吸引人才、培育企业家、创造就业机会、减少投资风险以及繁荣区域经济等方面，都具有非常重要的作用。研究相关的经济学理论，为企业孵化器的建立与发展提供了坚实的理论基础，指出企业孵化器是聚集理论、产业集群理论、企业生命周期理论、比较优势理论、规模经济理论等的良好实践。分析了世界其他国家与地区企业孵化器发展的概况，总结其特点与特色，对国内的不同类型的企业孵化器的特点进行分析，对优势与劣势进行对比，为研究企业孵化器的企业化运作模式提供较好的基础和前提条件。 通过借鉴国外政府在企业孵化器发展建设中的经验，指出了我国政府在企业孵化器发展上应该发挥政策引导作用，在完善法律制度、建立风险投资机制、中小企业服务体系、创造鼓励创新创业的社会文化环境等方面加以完善，结合地方实际出台税收优惠政策，完善投资环境，鼓励更多的资本投资企业孵化器，做大做强孵化器产业。 通过理论研究和系统分析，提出了在我国现行条件下，孵化器企业化运作模式，为企业孵化器管理、改革、发展明确了思路和方向。最后，理论联系实际，全面分析一个企业化运作的孵化器——南京长江科技园的筹备过程、操作程序、发展现状和发展前景，用实践进一步说明孵化器企业化运作的可行性和具体操作程序。