农村商业银行作为新型的股份制农村金融机构,其公司治理必须要做到既尊重现代金融企业公司治理基本规律,又要符合股份制农村商业银行的特征。而目前在中国,农村商业银行的公司治理尚无成熟的理论框架,在实践层面也仅停留在摸索阶段。就农村商业银行公司治理现状的研究而言,目前国内外还没有形成比较成熟的理论体系和达成共识的看法。大多是模仿一般公司法人治理结构的理论,有的甚至就是一般公司法人治理结构理论的完全照抄照搬,而没有考虑到商业银行与一般公司的差别,忽略了商业银行自身的特点。但是,随着国内外相关立法的不断完善,在立法、司法上各国对银行法人治理结构的改革均呈现出加强的趋势,使得相关理论的研究也不断深入发展。本文采用理论与实际相结合的方法,从公司治理理论的角度寻找出农村商业银行在经营中出现的问题。以我国农村信用社的发展历程和农村信用社目前依然存在的问题为研究背景,通过分析比对早期改革的几家农村商业银行(包括常熟农村商业银行、江阴农村商业银行和张家港农村商业银行)的发展情况,发现其在进行公司治理的过程中存在着股权结构不合理的现象、内部的监管机制不健全的问题、市场缺乏对于其进行有效的约束、缺乏合理的奖惩机制等。为此,通过将公司治理理论加以实质性的引入,进而提出了关于农村商业银行在公司治理的过程中应该采取的措施,这些措施包括建立完善的股权结构和组织结构、建立合理的薪酬奖励机制、明确市场定位、建立健全监督机制,并且提高企业的风险管理能力以及优化人力资源配置等。农村商业银行只有通过不断的认识公司治理的问题所在,才能够采取相应的办法解决问题。