我国的检验检疫系统一直在不断改革、不断发展、不断探索。1998年,商检、动植检、卫检(“三检”)组建国家出入境检验检疫局;2001年,由原国家出入境检验检疫局和原国家质量技术监督局合并组建国家质量监督检验检疫总局;2018年,按照国务院机构改革方案要求,国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署,检验检疫系统依然属于中央垂直管理。本文以检验检疫系统为主要研究对象,运用服务型政府理论、治理理论等公共管理理论,借鉴国外检验检疫系统的先进经验,结合最新的改革实践,探索提出我国检验检疫系统政府管理优化的对策建议。检验检疫系统实行实体型垂直管理对打击地方保护主义、维护中央权威、提高检验检疫行政效能起到积极作用,同时检验检疫系统采取垂直管理也产生了一系列问题。一是系统封闭,容易导致政府利益部门化;二是交流机制不够畅通,“天花板”现象突出;三是监督机制单一,易导致腐败和权力滥用;四是“条块”壁垒森严,行政协调难度加大。2018年3月,国务院机构改革方案提请十三届全国人大一次会议审议通过,开启我国大部制改革新征程,国家质量监督检验检疫总局不再保留,出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署。全新的职责使命,全新的任务战,对检验检疫系统提出了新的要求,也为检验检疫系统政府管理优化指明了方向。第一,科学划定职权,打破系统封闭性。一要科学合理合法划定厘清中央与地方职权关系;二要厘清地方政府与检验检疫系统的职权边界;三要依据“三定”方案,明确权责清单。第二,畅通交流机制,破解干部发展瓶颈。一要加强与地方政府干部交流,拓宽干部交流的途径;二要盘活检验检疫系统内部干部任用交流机制;三要建立检验检疫系统立体的干部组织管理机制。第三,完善监督机制,依法依规用权。一要加强对检验检疫权力运行的有效监督;二要不断加强检验检疫系统的监督体制建设;三要健全系统内部监督管理机制;四要加强社会舆论监督。第四,突破“条块”限制,实现与地方政府的良性互动。一要进一步强化垂直管理下检验检疫系统服务地方经济的意识;二要继续加强信息技术建设;三要整合地方政府与检验检疫系统垂直管理职能,突破“条块”限制;四要建立健全垂直管理体制下检验检疫系统与地方政府协调合作机制。针对现在我国检验检疫系统垂直管理中存在的问题,结合检验检疫划入海关的改革情况,汲取发达国家的优点,积极优化我国检验检疫系统的政府管理,一方面可以推动海关检验检疫深度融合、有机融合,为建设让党中央放心、让人民满意的中国特色社会主义新海关提供些许助力,另一方面可以为我国其他垂直管理体制提供一定的参考借鉴。