新疆已经成为我国第十四个大型煤炭产业基地，新疆煤炭资源远景储量占全国40%，新疆必须肩负起保卫我国能源安全的重担。然而由煤炭资源开发所引发的环境问题有很多。新疆生态环境极其脆弱，是全国荒漠化最严重和森林覆盖率最低的省区。因此新疆的煤炭产业开发必须走可持续发展之路，必须做到经济与人口、资源、环境协调同步发展。此中关键就是煤炭矿区的生态补偿工作。本文从庇古税和明晰产权的根本原理出发，梳理了过去针对煤炭矿区生态补偿的相关政策措施，并在此基础上提出借助财政、金融、行政、产业指导、宣传教育等措施且与地理信息系统、会计学等学科结合，论述了新疆煤炭矿区的生态补偿对策。重点论述了目前新疆煤炭产业税费的状况及改革措施、所面临的诸多生态环境问题的严重性等级划分、基于可持续发展视角的煤炭资源定税依据、煤炭矿区生态资源存量监测制度、煤炭矿区生态资源损耗权交易体系的建立、煤炭衍生产品生态补偿认证制度的建立和综合运用、煤炭产业利润链分析等。本文致力于为新疆煤炭产业的开发走经济与人口、资源、环境协调可持续发展的道路提供参考。