引用Baker等已发表的核肌动蛋白(actin)基因的内元(intron)引物，使用PCR技术扩增了江豚三个不同地理种群及其它部分鲸类核actin基因内元序列。江豚核actin基因内元序列变异的分析显示，江豚种群内部的遗传多样性极低；三个不同种群之间的分析结果表明江豚的长江种群和黄海种群具有较近的亲缘关系，而和南海种群的亲缘关系较远，推测在长江和黄海之间发生过种群的迁移行为。结合GcnBank检索得到的相关序列，共得到鲸类6科17种22个个体的actin基因intron序列，分析表明同科物种一般聚为单系，支持淡水豚的非单系发生的观点。分析还提示喙鲸与须鲸类的弓头鲸具有较近的亲缘关系。 利用脊椎动物通用引物扩增了鲚属部分个体的线粒体DNA的12SrRNA基因、16S rRNA基因和细胞色素b(Cytb)基因序列，结合下载的部分鲚属个体的同源序列进行分析比对，结果表明鲚属各种种内的遗传多样性水平极低。分析支持太湖湖鲚和刀鲚还没有达到区分亚种的程度；分析还支持短颌鲚和刀鲚为同一物种的观点。鲚属中七丝鲚与其余种的遗传差异最大，凤鲚和太湖湖鲚种内的遗传多样性稍高。