我国的公路收费制度和相关理论是在公路基础设施严重束缚了经济发展的特殊历史背景下产生的。在经历了十几年的快速发展之后，公路的瓶颈作用逐渐得到缓解；而由于大量的收费公路存量形成了网络并占据了主要流通通道，收费制度在宏观经济层面对资源流动和经济发展的负面影响逐渐显现。在这一历史背景下，现有的以微观分析为主的收费理论已经很难指导我国公路收费制度和公路事业的进一步发展，研究收费制度在宏观层面的经济效率成为当务之急。 本文从研究公路投资对国民经济贡献作用的机理出发，将投资贡献划分为投资流量效果和资产存量增加的效果，指出投资流量效果的作用机制是乘数原理，这种作用方式存在短期性；而资产存量的增加改变了社会经济结构、促进了产业升级因而是一种长期的促进作用。对于我国来说，公路投资对国民经济贡献的主导方式是资产存量增加所带来的经济增长。以此为基础，本文对我国运输经济界计量运输业投资经济贡献的主要方法进行分析后指出：乘数法注重测算投资流量的短期效果；投入产出法的结果实际上是运输业投资给经济带来的发展空间。只有生产函数法综合考虑了投资流量和资产存量效果，也反映了经济运行的趋势，因而是可选的计量方法。 通过对我国的宏观经济数据进行计量，进而采用价值流理论对收费制度进行分析，本文指出随着公路总量和收费公路存量的不断增加，收费制度对国民经济的作用将从促进转向平衡，如果不进行适当的调整，还可能会阻碍经济的发展。本文在严格的假设条件下，采用公共经济学的基本理论和方法推导出了收费制度使国民经济产出最大化的条件，即公路投资的边际收益等于其机会成本。通过对这一效率条件进行分析，分别从机理的层面解释了收费制度产生的条件、收费制度将经历的三个发展阶段以及各个阶段所表现出来的经济特点，同时给出了对不同发展阶段的判断依据和相应情况下提高经济总产出应当采取的政策措施。 最后，本文通过对我国公路收费制度的理论和现状进行分析，指出提高收费制度效率的措施有两个，其一是对我国收费标准的理论进行改进，提出了以使用者收益为核心的收费标准制定理论；其二是对公路资产补偿理论的拓展，提出了零基补偿的思路并分析了其对公路收费制度的意义。