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约5-10万年前,现代人走出非洲并迁徙至世界各地繁衍生息,为了应对各种新环境的生存挑战而产生的肤色表型的适应性进化特征形成了现代人群肤色的多样性。随着人类群体遗传学研究的不断深入,表型资料的大量积累和生物信息学的广泛应用,越来越多的研究发现色素相关基因的变异与不同人群的肤色适应性进化存在着紧密联系。其中包括在东亚人群和欧洲人群中发现的一系列与肤色变浅相关的色素相关基因,亚欧人群在肤色适应性进化上的相关基因变异存在极大的差异,这是各人群为应对环境压力而独立进化出来的遗传适应性特征。已发现的与肤色变浅的相关基因的遗传变异只能解释遗传力的很小一部分,基于肤色是一个复杂的性状,并不能仅仅只是用单个基因或是变体来解释。混合人群具有不同选择压力下适应性进化形成的差异化遗传组成本底的人群的基因混合,混合过程打乱原有的群体基因突变组成结构,从而表现出更多的表型多样性,对混合人群的系统研究可以更完整地揭示多基因互作机制对肤色的影响。哈萨克族人群是研究混合人群肤色进化的理想人群,哈萨克族是由肤色趋同进化变浅的欧洲人群和东亚人群混合而成。目前针对亚欧混合人群肤色的研究几乎没有报道,亚欧混合人群肤色表型变异的相关遗传机制尚不清楚。本研究采用全基因组关联分析的方法,系统的分析了色素相关基因与混合人群肤色表型之间的相关联系,并利用统计学原理将收集的新疆哈萨克族人群个体的表型肤色数据与基因芯片的数据建立起统计模型,运用生物信息学分析软件最终发现了来自于两个色素基因OCA2和SLC45A2的5个位点与哈萨克族人群的肤色变异显著相关。进一步的分子进化分析显示,OCA2基因上14号外显子的一个非常罕见氨基酸替代的错义突变rs74653330(Ala→Thr),在哈萨克族人群中突变等位基因频率较其他人群更高,此外SLC45A2基因上游区域的四个位点rs28777,rs35407,exm2270197(rs35397),rs250415在哈萨克族人群中受到了强烈的达尔文选择作用,这4个SNP处于完全连锁的状态。更进一步的遗传力分析发现所发现的几个变异位点组合成的单倍型对肤色变异的贡献度大于单个变异位点组成的基因型,此外两个基因变异组合的单倍型对肤色变异的贡献度大于单个基因变异。综合上面的结果,揭示哈萨克族人群的肤色变异是由于色素相关基因的一些变异位点受到了自然选择。肤色趋同进化变浅的欧洲人群和东亚人群混合而成的哈萨克族人群的肤色表型和基因型的关联分析结果将进一步阐释肤色是由多个基因及多个变异位点控制的复杂性状。