渎职犯罪主体的认定、重大损失的认定、渎职犯罪的共同犯罪的认定、渎职行为与危害后果之间因果关系的认定等方面是渎职犯罪司法认定中共性的疑难问题。关于渎职犯罪主体的认定,一要看行为人是否具有依法从事公务的资格,二要看行为人是否代表国家机关依法从事相关国家事务的管理活动。国家机关委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体中从事公务的人能否成为渎职犯罪的主体,关键看其执行的公务是否国家机关委托的公共管理职能。若是则可以成为渎职犯罪主体,若不是就不能。对具有双重职能单位中的人员,当行为人具有合法的从事公务的资格来源,并且又代表国家机关在行使具有管理性质的国家公务时,应当认定为符合渎职犯罪的主体要求,否则则不然。而实习人员不能成为渎职犯罪的主体。渎职犯罪“重大损失”中的间接经济损失必须是由直接经济损失直接所引起和牵连的,司法机关立案时现实客观存在的损失。非物质性损失的认定除了参照相关法律、法规外,更多的应当根据具体问题,按照社会公众的常识性认知,也就是一般人的常识性认知来判断其严重程度。对渎职行为导致的可能造成严重危害社会公众利益的危险的情形,可以借鉴刑法危险犯的理论,把出现足以危害涉及民生的公众利益的危险,认定为渎职犯罪的非物质性损失。造成恶劣社会影响的认定,可以通过委托权威的社会中介机构采用该抽样调查的方法进行民意调查。不能“一刀切”地以渎职犯罪立案时间作为确定重大损失的时间。渎职犯罪立案时,经济损失处于继续扩大趋势的,应以最终造成的实际损失作为渎职犯罪的“重大损失”。对原案立案侦查后,渎职犯罪案件立案侦查前挽回的经济损失,应当区分该挽回的经济损失是否系采取刑事侦查措施或其他司法手段而挽回,做出不同的认定。对于穷尽一切合法的手段仍无法实现债权的,均可以认定为渎职犯罪经济损失中的债权损失。渎职犯罪因果关系具有“多因一果”的普遍性、不作为原因行为的普遍性、复杂性、因果联系较长的时间间隔性等特殊特征。将偶然因果关系纳入渎职犯罪因果关系十分必要,同时也是渎职犯罪本身特点的要求。渎职犯罪中,有可能间接原因行为人罪责大于直接原因行为人。认定渎职犯罪因果关系只需进行事实因果关系判断而不需要法律因果关系判断。渎职犯罪共同犯罪中,非国家机关工作人员可以和国家机关工作人员同为渎职犯罪的实行犯,一般对二者均应按渎职犯罪定罪。在同时符合其他犯罪构成,且处罚更重时,均按其他犯罪定罪处罚。非国家机关工作人员教唆、帮助国家机关工作人员实施渎职犯罪和国家机关工作人员教唆、帮助非国家机关工作人员实施渎职犯罪的,都应当按照渎职犯罪的共同犯罪对二者定罪处罚。集体研究决定的渎职行为,参与决策者决策时同意该决定的,均构成渎职犯罪共犯。单位领导受具体工作人员蒙骗,作出违法决定的,具体工作人员构成渎职犯罪,领导不构成犯罪。但未尽注意义务,可以构成玩忽职守类犯罪。具体工作人员明知领导作出的决定违反相关规定,仍然实施的,是否构成渎职犯罪的共犯,要区分工作人员是否具有拒绝执行的权力作出不同的认定。