实务中确定案涉协议作为行政协议的参照标准,主要包括以下几个层面:想要实现某种行政管理目标,或满足公共利益需求;行政协议双方地位不平等,即行政主体具有行政优益权;行政协议一方当事人恒为行政主体。关于行政协议案件的法律适用问题,行政协议纠纷案件在起诉期间、举证责任分配及诉讼费用的交纳方面,区别于一般行政诉讼案件。在对行政协议纠纷案件进行实体认定方面,认定行政协议无效最主要的理由为存在《合同法》第五十二条第五款的所描述的任何情况,出现违法、违规的特殊规定,那么合同可视作无效处理,但应当区分效力性和管理性的强制性规定。同时,如果包含违反行政法规及以下的强制性规定,倘若满足合同法第五十二条第四款的情形,也可能导致协议无效。此外,没有依据也将导致行政协议无效,具体可以分为形式选择没有依据与内容没有依据,这是适用《行政诉讼法》第七十五条进行认定的结果。形式选择没有依据是指依事件性质或法律规定而不得缔结行政协议,内容没有依据往往对应无权处分的情形。在因程序违法而确认行政协议无效的情形中,主要是由于行政协议的签订过程违反法定程序,例如应当使用招投标方式的,而未使用;应当召开村民小组会议讨论决定的,未进行。司法实务中认定行政协议的有效性,实际上普遍是通过不具有无效情形而反向论证的。原告起诉请求撤销行政协议的理由,一般是基于受到欺诈、胁迫或显失公平,而法院一般也是依据《合同法》第五十四条、第五十五条的规定进行认定,并且大多数案件以超出第五十五条规定的一年除斥期间为由,不属于法律保护范畴。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第十五条第二款中明确表示,如果解除协议的一方为原告,或者申明协议无效,并给出正当理由的,那么法院可认定其协议无效成立,同意协议正式解除,同时按照相关法规加以处理。法院在对行政协议的效力问题作出认定后,涉及到赔偿问题。司法实务中,有非常少的案件适用了《国家赔偿法》中的行政赔偿的范畴,通常可以按照民事法律法规来进行相应赔偿的评估与判定。行政协议当中还存在适用违约金规则、定金罚则的情形,甚至对可得利益损失进行赔偿。利息的赔偿也存在特殊情形。