随着我国经济社会发展,科技投入的不断增加,我国科技事业得到了较全面的发展,高校作为科技创新体系的重要组成部分,其卓越的科研能力对经济的贡献率显著提高。科研经费作为从事科学研究的必备条件和物质基础,是高校提高科技创新能力,促进科技进步的重要保障。然而不容忽视的是,我国高校的科研管理水平并没有随着科研经费投入的增加而相应提高,科研经费使用效率仍处于较低水平,长期下去将会制约我国科技进步和经济发展。本文试图对我国高校科研经费使用效率进行研究,从科研工作者的角度系统揭示经费管理和使用中存在的突出问题,并对科研经费合理使用提出有针对性的政策建议,为提高我国高校科研经费使用效率提供科学依据。　　 (1)从高校科研人员和经费分布概况,以及当前科研经费管理特点和体制研究了我国高校科研经费使用及管理现状,揭示了科研经费使用和管理中的四个突出问题:科研劳务费支付比例偏低;管理费收取标准不一致；报销程序复杂繁琐；监督机制不完善。　　 (2)在科研经费使用效率分析中采用DEA的主要思想,建立时间延迟DEA模型,对选定的国内31所高校的科研经费效率进行定量测算,分析发现我国高校科研经费使用效率整体不高,其中35％的高校存在一定程度的投入不足和产出剩余问题。　　 (3)对科研劳务费、科研管理费、科研经费支出结构以及科研经费管理过程中的监督制度进行了具体分析。采用工资报酬折现法测算了科研人员的人力资源价值;运用Shapley值法对科研经费的支出结构进行了测算,综合得出有效的科研经费支出结构为:劳务费支出比例为科研经费总额的34％；管理费为6％；设备费为12％；其他费用为48％。基于博弈理论,构建多层次委托代理关系,通过监督博弈模型求得混合策略纳什均衡解。分别在劳务费支出、管理费制度构建、经费支出结构控制、科研经费监督等方面提出相应的政策建议,以提高我国高校科研经费的使用效率。