现有理论对行政惯例的研究主要停留在行政惯例的法源地位的探讨上,对行政惯例作为行政法法源之后的具体司法适用的研究非常匮乏,由于理论研究的不足,实践规则的缺失,导致了法院在行政惯例司法实践中的混乱。本文拟对行政惯例的司法适用进行系统的研究,通过对行政惯例概念的界定、适用价值、现实状态的分析,提出行政惯例司法适用应当遵循的原则、方式和程序,并最终提出完善行政惯例司法适用相关的法律制度的建议。具体而言,论文主要分为五个部分。第一部分,行政惯例能在司法中适用的缘由。该部分明确了行政惯例属于习惯法范畴并且对行政惯例成立的具体要件进行了分析,认为行政惯例的成立包括不成文、长期反复适用、具有法的确信、不与成文法抵触、不违背法的原则和精神五个要件。同时讨论了行政惯例司法适用的必要性,认为行政惯例具有弥补成文法的缺漏、避免行政与司法法律依据的割裂、发展行政规则的意义并且惯例早已被法院所认可,所以行政惯例的司法适用非常必要。第二部分,行政惯例司法适用的现状考察。通过分析本文发现行政惯例的司法适用主要具有缺乏直接的法律依据、使用标准和方式混乱、裁判说理简单模糊和适用程序不清四个主要的问题。第三部分,行政惯例司法适用的规范化。该部分包含行政惯例的司法适用的原则和方式。适用原则部分认为,首先行政惯例只能在成文法缺漏的情形下才能补充适用。其次,行政惯例要得以适用还要经过合法性审查,由于我国行政诉讼立法接受的是实质合法的概念,因此合法性审查还包括合理性审查,行政惯例的合理性审查应当坚持明显不当的标准。最后,法院适用行政惯例与否必须说明具体的理由。适用方式部分认为,行政惯例在司法适用的具体过程中有认定案件事实和作为裁判依据两种具体的方式。第四部分,行政惯例司法适用的程序化。该部分包括启动程序、证明程序、识别程序三个部分。本文认为行政惯例的司法适用只能是附带审查适用,在诉讼中所有有利害关系的各方都可以提出对行政惯例的适用审查,包括法院也可以主动审查;行政惯例存在与否属于行政诉讼中的证明对象,需要经过举证、质证和认证程序;行政惯例的识别要经过事实审查识别和价值审查识别前后两个程序。第五部分,完善行政惯例司法适用的建议。本文认为应当修订法律明确行政惯例的司法适用地位,然后最高法院出台具体的司法解释明确行政惯例适用的具体规则,同时发布一些行政惯例适用的指导案例和典型案例,为后续适用行政惯例的案件提供参考。