区域经济差异研究一直是区域经济学、发展经济学研究的核心问题之一，地处中国西部地区的内蒙古自治区，也面临着区域经济差异的问题。鉴于县域单元的独特地位和作用，本文将研究的重点放在内蒙古自治区县域经济差异上，在充分运用分析与综合、从具体到抽象与从抽象到具体、逻辑与历史的统一等逻辑思维方法的基础上，收集了1986年以来内蒙古自治区各旗(县)数据，以分析其县域经济发展的差异程度。 本研究在总结前人研究成果的基础上，采用定量分析的方法，在收集整理内蒙古1986-2006近二十年县域经济发展数据，选取1986、1996、2006三个年份作为横截面，通过Theil系数的不断变化，展现了内蒙古县域经济差异的演变过程。本文在空间的角度上，结合地理信息系统软件ArcGIS9.0通过标注GDP、人均GDP以及其GDP年均增长率等要素，展了现内蒙古县域经济发展的空间变化状况及其特点；在时间角度上，运用区域差异的计量模型Theil系数，反映了内蒙古自治区县域经济相对差异的时间变化趋势；同时，本文选取14项评价指标构成了内蒙古县域经济差异的检验指标体系，采用2006内蒙古自治区社会经济统计资料，运用统计软件SPSS13.0主成分分析法，对内蒙古县域经济差异进行了检验，并分析了县域差异变动的原因，在此基础上提出了缩小区域差异、促进区域经济协调发展的对策建议。研究表明：内蒙古总体经济发展保持较高增长水平的同时，其中西部县域经济发展凸现，东部县域发展相对滞后且空间上明显扩大；从总体上看，经济欠发达县域现主要集中在半农半牧区、山区、旱区、沙漠化区等环境条件较差的地区，尤其人口密度较大的东部县域。在内蒙古西部，其生存条件恶劣，人口密度较低(以阿拉善盟为例)，从而导致其部分县域人均GDP较高，但经济增长速度相对滞后；导致县域经济差异显著的因素除市场化程度、优惠政策、城市化水平、基础设施建设(如交通、通讯)等以外，自然资源是拉动内蒙古部分县域经济迅速增长的关键因素，在一定程度上加大了内蒙古县域经济发展差异的离散程度。