国家主席习近平于2018年11月5日在首届中国国际进口博览会开幕式上宣布设立科创板,同时在该板块内进行注册制试点改革。作为金融供给侧结构性改革的重要举措,此举为支持符合国家战略、突破关键核心技术、市场认可度高的科技创新企业发展壮大提供了坚实的制度保障,肩负着引领全球第二大资本市场开启新一轮改革征程的重大使命。与此同时,科创板企业大量创新投入的资源配置效率问题以及创新投入带来的财务绩效引起了广泛关注,如何正确地评价和提升科创板企业创新投入的财务绩效就显得尤为重要。论文在分析相关文献的基础上,首先通过比较分析财务绩效评价的多种方法,指出数据包络分析相比于其他方法的优势;其次,分析了我国科创板企业整体和南微医学个体创新投入和财务绩效的状况,选取59家科创板上市公司作为研究对象,结合科创板企业特点并运用因子分析法构建了科创板企业创新投入的财务绩效评价指标体系;之后,以DEA方法中BCC模型和Malmquist指数作为基础评价方法,针对其创新投入的财务绩效进行实证评价,计算出各个决策单元的相对效率值;最后,根据DEA方法的评价结果,提出改进科创板上市公司创新投入财务绩效的有效措施。研究结果表明,大部分科创板企业综合技术效率普遍较低,只有7家上市公司综合技术效率达到了 1,另外52家公司表现为无效率,主要是由于纯技术效率低下造成的,松弛变量结果显示共有39家企业创新投入存在不同程度的冗余,约占总数的66%,Malmquist指数评价结果证实了技术进步对提升企业全要素生产率的重要作用。研究还发现,大部分科创板企业创新投入的财务绩效配置不合理的问题,其原因在于过度依赖规模效率,忽视提升纯技术效率。因此,科创板企业应进一步学习借鉴先进的管理经验和前沿技术,优化自身的资源配置,继续保持创新投入的规模,进一步提升企业的财务绩效。