不同性别的动物在生理和生物学功能上存在很大差异,而肠道是消化吸收饲料营养的主要场所。为了研究不同性别农华麻鸭肠道发育及微生物是否存在差异,在相同条件下对农华麻鸭公鸭和母鸭进行饲养,分别在第2、5和10周时测定其十二指肠、空肠、回肠和盲肠的相对长度（RL）、相对重量（RW）和密度（ID）,利用HE染色观测各肠段的形态结构,并通过16s r RNA分析肠道内容物中的微生物。结果表明:（1）农华麻鸭肠道发育和体重增长率的高峰期分别出现在第2周和第5周,公鸭空肠RL和RW在总肠道中的占比分别为36.31～38.21%和36.58～37.68%,母鸭分别为38.18～41.17%和37.56～39.90%,公鸭肠道第5周的RL显著低于母鸭（P<0.05）,而第5周和第10周的ID值、第10周的RW显著高于母鸭（P<0.05）,提示食物在公鸭肠道消化周期更短。（2）公鸭空肠第2周时的绒毛高度和绒毛高度/隐窝深度显著低于母鸭（P<0.05）,第10周时显著高于母鸭（P<0.05）,提示公鸭空肠对营养的消化吸收能力更高。（3）农华麻鸭肠道中检测到的微生物中99.66%为公母共有,优势菌属在门水平均为Firmicutes、Proeobacteria、Bacteroidetes和Actinobacteria。公鸭总的肠道微生物均匀度和多样性均高于母鸭。两种性别农华麻鸭仅在空肠出现了9个差异功能通路,其中公鸭metabolize与disease方面的相关通路丰度更高,包括滤过性毒菌传染病通路（infectious diseases:viral）、脂肪代谢通路（lipid metabolism）、萜类和聚酮化合物代谢通路（metabolism of terpenoids and polyketides）、寄生虫传染病通路（infectious diseases:parasitic）、外源性物质降解与代谢通路（xenobiotics biodegradation and metabolism）、心血管疾病通路（cardiovascular diseases）和其他氨基酸代谢通路（metabolism of other amino acids）,而母鸭gene相关通路丰度更高,包括基因的折叠分类与降解通路（folding,sorting and degradation）和核苷酸代谢通路（nucleotide metabolism）。本研究比较了不同性别农华麻鸭的肠道发育及微生物差异,丰富了农华麻鸭基本的生物学数据,为相关研究提供了基础数据参考值。