基于核苷酸代谢的胃癌预后风险模型的构建与验证

来源 :广西大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fresco_xp
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:胃癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一,由于肿瘤细胞需要通过核苷酸代谢获得足够的核酸前体进行自身复制和增殖,所以核苷酸代谢被认为是肿瘤进展中的关键途径。但是目前关于核苷酸代谢在胃癌进展中是如何发挥作用的报道非常少见。本文主要利用生物信息学技术结合部分体外实验构建并验证了两个基于核苷酸代谢的胃癌预后风险模型。方法:使用Limma R包和Unicox生存分析分别研究嘌呤代谢和嘧啶代谢中的基因在胃癌样本和正常组织样本之间的表达差异。通过Lasso-penalize Cox回归分析去除冗余基因并建立了基于嘌呤代谢和嘧啶代谢的两种预后风险模型。采用Kaplan-Meier生存分析、单因素Cox分析、多因素Cox分析、分类分析和多因素ROC分析评估这两种风险模型是否是重要、独立且可靠的胃癌预后因素。采用基因集富集分析寻找可能影响胃癌核苷酸代谢的相关通路,最后建立了能直观描绘胃癌预后情况的列线图。所有结论均在TCGA和GEO数据库中进行了测试和验证。所有筛选得到的差异表达的基因(DEGs)都在胃癌细胞系和临床样本中都经过实验验证。结果:我们基于6个嘌呤代谢中DEGs和3个嘧啶代谢中DEGs的m RNA表达情况及其与胃癌预后的关系在TCGA数据库中构建了两种预后风险模型,并在GEO数据库中进行验证。在这两种风险模型中,基于相应的最优临界值将患者分为高风险组和低风险组,发现高风险组中患者的总体生存率显著低于低风险组中的患者。通过单因素Cox分析、多因素Cox分析和多因素ROC分析,我们验证这两个模型在胃癌预后中均是重要、独立且可靠的参考因素。基因集富集分析结果提示胃癌核苷酸代谢受到多条相关信号通路的影响,如细胞粘附、组氨酸代谢和色氨酸代谢等。因此,我们基于这两种预后风险模型和其他在多因素Cox分析得到的独立的预后因素制作了列线图来直观地预测胃癌患者的生存率。上述DEGs均在体外用实时定量PCR技术进行了RNA水平上的验证,并选择了嘧啶代谢中的3个DEGs进行了Western Blot和免疫组织化学染色,其结果都与生物信息学结果一致。结论:总而言之,我们发现在胃癌进展过程中核苷酸代谢发生了紊乱,所以首次建立了基于嘌呤代谢和嘧啶代谢的两个胃癌预后风险模型,并证实这两个模型均是指导胃癌预后的重要、独立且可靠的参考因素,可以作为指导胃癌预后的潜在工具。
其他文献
鉴于西南地区干旱的危害程度及其严峻形势,定量刻画干旱时空特征、揭示干旱发展规律,已成为抗旱防灾、保障农业健康发展的迫切要求。基于1902—2018年标准化降水蒸散指数(SPEI)数据,统计了西南地区不同等级干旱发生频率及干旱强度,并采用Sen趋势分析、Mann-Kendall检验法和经验正交函数(EOF)分析方法研究了西南地区干旱的时空演变特征,以期为西南地区干旱变化及生态维护提供科学依据。结果表
目的:发掘中药美容妙方的用药特点,为推动中医药在美容中的应用和中药化妆品的开发提供依据。方法:选择具有代表性和实用价值的美容方132首,以方中涉及的345种药物作为研究对象,建立数据库,进行频数分析、关联规则分析及系统聚类分析,统计方剂中药物组成、使用频次及组方特色,从中挖掘中医药美容用药规律。结果:频次统计发现美容方剂中以疗面黑和长葆青春的方剂最多,组药最多为32味,单味药为31首,高频药物15
温度对鸟类的繁殖具有重要影响,气候变化可导致鸟类生活史特征的改变。为了解气候变化对家燕(Hirundo rustica)巢利用率和窝卵数的影响,于2014—2015年4月,对海南临高4个村庄的家燕繁殖情况进行了调查。结果表明,2015年家燕种群开始繁殖的日期较2014年显著推迟,同时巢的利用率也低于2014年(!2=70.37,P<0.001)。通过对两年繁殖季的气候状况进行分析,发现4月份的气温
教育部印发的《高等学校乡村振兴科技创新行动计划(2018—2022年)》提出,“发挥高校优势,通过科技创新引领,全面服务乡村产业振兴、人才振兴、文化振兴、生态振兴、组织振兴,实施高校服务乡村振兴七大行动”。文章基于作者的工作经验,目的在于推进高校影视专业实践课程的相关研究。对其融入高校专业课程教学实施的路径进行探索,进一步分析影视专业实践课程具有创新性的目标和挑战,旨在创新乡村振兴战略背景下高校影
比对“经营活动产生的现金流量净额”和“净利润”是企业财务报告分析过程中的“必选动作”,文章对两者之间的关系进行了简要提炼与概述,对交叉比对利润表和现金流量表相关对应项目进行了具体阐释,对把净利润调节为经营活动产生的现金流量净额过程中的各类调整项目的成因及其影响进行了具体剖析。文章认为通过相关比对分析,可以对企业净利润的含金量、商业信用的利用程度、会计政策的稳健程度及执行力度、获利能力的持续性和稳定
目的 探讨超声激励碱性成纤维细胞生长因子(b FGF)纳米微泡靶向治疗对裸鼠瘢痕疙瘩及第10号染色体同源缺失性磷酸酶-张力蛋白基因(PTEN)/3-磷酸肌醇激酶(PI3K)/丝氨酸-苏氨酸激酶(Akt)通路的影响。方法 构建裸鼠瘢痕疙瘩模型。将裸鼠分为对照组,b FGF水溶液组,b FGF纳米微泡组,超声空化组,超声+b FGF水溶液组,超声+b FGF纳米微泡组,观察裸鼠生存状态和瘢痕疙瘩生长状
比亚迪新能源汽车视频广告运用多模态相互协调作用构建了一系列隐喻场景,不同的隐喻场景采用多种意向勾连源域和目标域,以此生成劝说性质的广告语篇。同步暗示和意外填充图示插槽是比亚迪新能源汽车视频广告的两种表征方式,它使得广告的隐喻场景得以被受众解构并还原成文本意义,实现劝说功能。
科技革命通过影响公共管理的实践场域与技术能力,而与公共管理研究范式互相表征。以往,科技革命与公共管理研究范式呈现弱连接状态。进入数字时代,数据成为公共管理研究的基础单元,推动数字革命与公共管理研究范式变革之间建立强连接。一方面,数据驱动的新模式系统地改变了经济社会运行方式,重新定义公共管理需要回应的治理难题。另一方面,数据贯通了公共管理的实践场域、治理工具和分析方法,凸显基于数据和算法的研究工作流
由于干旱的复杂性和影响因素的多样性,对干旱的准确监测仍然面临许多问题,尤其是西南地区的干旱日益频繁和加重,且形成和致灾过程有一定特殊性,而传统干旱监测方法已无法满足区域干旱监测的要求,因此需要更为科学的监测方法和手段。由于机器学习可以将多种致灾因素综合考虑来建立干旱监测综合模型,无疑为干旱监测提供了一种新的技术手段,因此本文利用2010-2019年多源遥感数据以及1980-2019年气象站点数据,
专利诉讼是专利权人与潜在侵权人围绕专利展开的博弈,已然成为企业竞争中面临的风险常态和企业获得收益的常规策略。专利权人提起诉讼的动机影响其诉讼行为,进而影响诉讼的结果——诉讼收益。以往文献未将动机、行为和结果联系在一起进行分析。基于此,本文建立了专利诉讼动态博弈模型,对专利诉讼动机对诉讼收益的影响进行研究,并将动机所决定的专利权人提出和解的概率设为关于诉讼动机的函数,在这种情况下,通过计算受专利权人